L2 Biologie

Cette UE libre est ouverte aux étudiants qui souhaitent suivre un enseignement optionnel supplémentaire (sous réserve de compatibilité des emplois du temps et après accord des responsables de formation) et/ou réaliser un stage facultatif conventionné.
NB : Cette UE est non diplômante, c’est à dire que sa validation ne peut pas servir à l’obtention des 60 ECTS nécessaires à la validation de l’année

OAV : Acquérir un complément de formation.

Modalités de contrôle des connaissances et compétences (MC2C) :

Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de suivre une UE optionnelle supplémentaire, la validation de l’UE suivra les MC2C de l’UE en question. Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de réaliser un stage facultatif conventionné, il conviendra avec son enseignant référent des modalités de suivi et d’évaluation. Cette évaluation ne fera pas l’objet d’une note, le résultat sera « acquis » ou « non acquis ».

Les objectifs de l'UE sont doubles : 
1° initier une réflexion sur les processus de production de preuves scientifiques appliqués à la question de l'environnement; 2° initier les étudiants à la méthodologie de la recherche (sources, données, analyse et interprétation des données). L'enjeu est de faire travailler les étudiants sur les processus de construction et de validation des savoirs scientifiques en allant au-delà d'un idéal de faits et de preuves - univoques, sans ambiguïté, immuables et universelles - qui s'imposeraient d'eux-mêmes:
 1° Comment les preuves sont-elles produites? Par qui ? Qui les valide ? 
 2° Comment les arguments sont-ils jugés convaincants au sein de la communauté scientifique qui les produit, ou dans un contexte social plus large?
 3° Comment et par qui les méthodes scientifiques peuvent-elles être réappropriées pour produire du doute et remettre en question des consensus scientifiques établis ?

- Développer un sens critique et la réflexivité des étudiantes et étudiants sur les grands enjeux environnementaux; 
- Apprendre à faire des recherches de façon efficace sur une thématique donnée; 
- Apprendre à lire des textes en relevant la structuration de l'argumentation et Développer la rigueur de la lecture; 
- Travailler sur des notions et les comprendre, enrichir son vocabulaire; 
- Travailler en équipe, préparer un exposé; 
- Travailler de manière individuelle et développer son autonomie;  
- Acquérir des compétences de type professionnel (CR, réunions, dossiers, entretiens…) : maîtrise de la lecture, de la rédaction, développer des qualités d'analyse et de synthèse, développer son argumentation…

L'UE est organisée en alternant des séances avec un enseignant (cours et TD) et des séances de travail en autonomie. Ces séances mettent en avant la participation des étudiants, à la fois à travers des travaux d’enquête collective qui sont restitués, mais aussi à travers les discussions générées à partir des textes d’historiens et de sociologues des sciences et des techniques qui sont étudiés avec les enseignants. Chacune des séances en autonomie donne lieu à la réalisation d’un travail (devoir écrit, recherche ou présentation orale collective) qui compte pour le contrôle continu.

En relation avec le service d‘insertion professionnelle de l’Université, 2 séances de cours traitant des méthodologies de recherche de stage seront réalisées. Ces cours aborderont différents thèmes : réflexion sur les objectifs pour ce stage, construction des différentes étapes de la recherche et techniques de recherche de stage (CV et lettre de motivation). Dans le cadre de ce stage, les différents domaines de la biologie pourront être appréhendés par les étudiants dans les milieux académiques ou privés. Ils prendront ainsi connaissance des différents métiers traitant de la biologie. Des cours sur l'entreprise, initiés en L1 dans l'UE « Comprendre l'Entreprise » seront réalisés dans le but de présenter le fonctionnement de l'entreprise depuis la start-up jusqu'à la multinationale (6h). Ces cours seront proposés sous la forme de SPOC. Les techniques de recherche de stage seront également enseignées dans le cadre de séances de TD (au nombre de 5) qui permettront de travailler en mode « projet » sur la recherche de stage et la communication orale : méthodologie, CV, lettre de motivation et utilisation du réseau professionnel. L’étudiant sera guidé par l’équipe pédagogique sur les démarches à effectuer pour trouver un stage. Dans un deuxième temps, l'étudiant réalisera un stage de 6 semaines, encadré par un maitre de stage dans l'organisme d'accueil et par un enseignant référent de l'université. À la fin du stage, l'étudiant rédigera un manuscrit (rapport ou revue bibliographique, selon la nature de son stage -observation ou expérimental) et réalisera une soutenance orale qui seront évalués par l'enseignant référent.

À l’issue de cet enseignement, l’étudiant sera en mesure de :
OAV1. Optimiser sa méthodologie de recherche de stage
En sachant utiliser les services de l’université pour ses recherches de stage et les différentes sources d’information possibles, en sachant rédiger un CV et une lettre de motivation ciblés au contexte et pratiquer une communication positive, en valorisant ses compétences acquises en tant qu’étudiant en licence à l’université et celles développées au cours des expériences hors études (jobs d’été, vie associative…).
OAV2. S’intégrer dans un milieu professionnel
En apprenant à travailler en équipe tout en développant son autonomie. En identifiant les typologies d’entreprise en relation avec son projet professionnel et les typologies d’entreprise correspondant à son savoir être. En prenant conscience des liens existant entre les départements de l’entreprise et leurs interactions.
OAV3. Analyser une problématique scientifique et travailler à la réalisation d’un projet
En concevant une stratégie expérimentale avec l’équipe d’accueil pour répondre à une question scientifique et en formulant les hypothèses de travail. En lisant et analysant des articles scientifiques. En apprenant à planifier les étapes à réaliser, en apprenant à analyser, interpréter et discuter les résultats obtenus avec l’aide du maître de stage, en développant son esprit critique.
OAV4. Restituer son travail scientifique par une présentation de données scientifiques mises en forme
En utilisant les outils pour réaliser une recherche bibliographique, rédiger un manuscrit (rapport de stage ou revue bibliographique) et présenter son travail à l'oral.

Les étudiants suivront les différents types d'enseignements à l'université et réaliseront leur stage de 6 semaines dans des organismes publics ou privés de leur choix.

Articles scientifiques portant sur le sujet d'étude en lien avec leur stage

Cette UE est une initiation à la communication scientifique en anglais. À travers différentes activités, les étudiants vont apprendre à manipuler les outils principaux de communication scientifique en anglais, tels que la compréhension d'articles scientifiques, l'écriture d'un résumé scientifique, la préparation d'un poster ou encore d'une présentation orale, comme s'ils étaient à un congrès international. L'UE vise également à rassurer les étudiants et les pousser à utiliser l'anglais pour échanger avec d'autres personnes autour de thèmes scientifiques, même si leur niveau d'anglais n'est pas très élevé.

OAV1. Savoir s’exprimer à l’oral en anglais sur des thématiques scientifiques.
 L’objectif ici n’est pas de bien connaître la grammaire ou d’avoir un bon accent, mais de pouvoir communiquer avec d’autres personnes (anglophones ou non-anglophones) pour parler de science en utilisant l’anglais, sans être inhibé par son niveau. Pour s’entraîner l’étudiant pourra par exemple se présenter devant les autres, participer à des discussions, des débats, des présentations d’articles scientifiques, enrichir son vocabulaire dans la description des résultats scientifiques.
OAV2. Rédiger un résumé scientifique à partir d’un article scientifique.
 L’étudiant devra pour cela appliquer une méthode consistant à reprendre de manière très concise les différentes parties qui composent classiquement un article scientifique, à savoir : introduction, matériel et méthode, résultats et discussion.
OAV3. Préparer un exposé et le présenter devant la classe sur un sujet de science et société.
 Les étudiants devront faire des recherches bibliographiques en groupe pour présenter différents aspects d’une thématique scientifique ayant des enjeux sociétaux en utilisant un diaporama. Ils devront présenter leur diaporama en anglais et répondre aux questions posées par l’audience composée des étudiants et de l’enseignant. Un débat pourra être alors engagé.
OAV4. Réaliser et présenter un poster devant la classe, à partir d’un article scientifique.
 Les étudiants devront choisir un article scientifique en lien avec le sujet de science et société qu’ils ont présenté à l’oral. Ils devront en extraire deux ou trois figures dont ils se serviront comme base pour réaliser un poster comme s’ils étaient à un congrès scientifique. Ils devront présenter leur poster en anglais en quelques minutes et répondre aux questions posées par l’audience composée des étudiants et de l’enseignant.
OAV5. S’initier à l’évaluation par les pairs.
 Pour cela, l’étudiant disposera de fiches avec des critères précis (reprenant les consignes qui lui ont été transmises) lui permettant d’évaluer les posters et/ou les présentations orales de ses camarades afin de développer son attention, son regard critique, de donner un retour bienveillant et constructif sur les forces/aspects positifs des présentations et des posters, et de proposer des pistes d’amélioration.

Cette unité d’enseignement de 25 heures comprend 3 heures de cours magistraux en anglais et 22 heures de travaux dirigés. Les étudiants travailleront en groupe pour développer leur vocabulaire scientifique en anglais, préparer un exposé et concevoir un poster. L’évaluation inclura des épreuves écrites, comme la rédaction de résumés scientifiques ou des exercices de traduction. L’UE se terminera par un colloque scientifique où les étudiants présenteront leurs posters.

Attendus de l'UE Langue-Anglais2 : Niveau B1 minimum dans les 5 compétences linguistiques

ANGLAIS GÉNÉRAL. Cette UE s'inscrit dans la continuité de l'UE Langue-Anglais1 : on prolongera notamment le
travail sur la prononciation ainsi que l'approche actionnelle dans les 5 compétences (compréhension
orale et écrite, expression écrite, expression orale en continu et en interaction) à partir de thèmes choisis tels que Science et Technologie, Médias et Réseaux sociaux.
L'interaction se fait à travers des documents écrits et/ou audiovisuels centrés sur une problématique et un scénario de
communication et/ou dans la cadre d'un projet tout au long du semestre. La communication interculturelle pourra être abordée dans le cadre du cours.

Le travail se fera par groupes de niveau.

Connaître le vocabulaire classiquement utilisé en biologie (et si possible plus particulièrement en biochimie et en enzymologie).

• Savoir rédiger un compte-rendu clair dans un français correct en utilisant le vocabulaire approprié.
• Etre capable de traduire un texte en schéma simple.
• Savoir déterminer la charge d'une protéine à un pH donné.
• Savoir reconnaître et dessiner les oses simples les plus courants et en donner les caractéristiques principales.
• Savoir expliquer simplement la différence majeure entre une bactérie à Gram-négatif et une bactérie à Gram-positif.

Cette UE permettra aux étudiants de se familiariser avec les méthodes et outils utilisés classiquement dans les laboratoires de Biochimie. Elle se déroulera sur 8 jours (à raison d'1 jour/semaine) dont 5 journées complètes de TP qui porteront sur :
  -  l'extraction du lysozyme de blanc d'œuf et sa purification par chromatographie d'échange d'ions, la mise en évidence du profil d'élution des protéines du blanc d'œuf et la détermination de l'AE de chaque fraction issue de la purification ;
   - le dosage des protéines contenues dans chaque fraction issue de la purification et le calcul des AT, AS, rendement et facteur de purification ;
   - la réalisation d'un gel SDS-PAGE et son analyse ;
   - la cristallisation du lysozyme et l'observation des cristaux obtenus ;
   - la réalisation d'un antibiogramme et son analyse.
 Les 3 journées supplémentaires feront l'objet d'un CM, d'un TD de bioinformatique et d'une visite du synchrotron SOLEIL, respectivement.

Objectifs d'apprentissage :
 OAV1. Acquérir définitivement le vocabulaire de base classiquement utilisé en biochimie et se familiariser avec le matériel de TP (maniement du pipetman, notamment).
 OAV2. Etre capable de donner les principes et d'expliquer les techniques classiques utilisées lors des séances de TP (chromatographie, spectrophotométrie, électrophorèse, dialyse, dosage...).
 OAV3. Savoir expliquer simplement la différence majeure entre une bactéries à Gram-positif et une bactérie à Gram-négatif. Connaître la définition du terme "antibiotique" et comprendre les notions qui lui sont associées (CMI, CMB, antibiogramme, immunité, cibles, résistance...).
 OAV4. Rédiger un compte-rendu clair, concis et correctement écrit en français en utilisant à bon escient le vocabulaire nouvellement appris.

L'UE se déroulera sur 8 jours, à raison d'1 jour / semaine durant 8 semaines.
  La première séance sera consacrée à un cours magistral de 3h, en 2 parties : la première sera une introduction au lysozyme et à son substrat, le peptidoglycane bactérien, tandis que la seconde partie portera sur les antibiotiques d'un point de vue global.
  Les 6 séances suivantes consisteront en 5 journées entières de TP + 1 demi-journée de visite du synchrotron SOLEIL.
  Enfin, un TD de bioinformatique de 2h constituera la dernière séance, où le logiciel Pymol sera utilisé pour "voyager" dans la structure du lysozyme et appréhender, d'un point de vue moléculaire et atomique, le mécanisme catalytique de cette enzyme.
 
 Les étudiants seront évalués par une note de compte-rendu de TP et une note d'examen final.

Pas de pré-requis particuliers. Connaissances en biologie animale de niveau L1.

L’Unité d’Enseignement Nutrition, Alimentation, Métabolisme et Santé aborde les bases physiologiques, biochimiques et cellulaires du métabolisme énergétique et de la nutrition. Elle vise à explorer les liens complexes entre alimentation, environnement et santé humaine.
Cette UE propose une approche intégrée, combinant apports théoriques et apprentissages pratiques, afin de comprendre les mécanismes de régulation du métabolisme et les déséquilibres nutritionnels à l’origine des principales pathologies métaboliques.

Cette UE est organisée en 12 heures de cours magistraux, 10 heures de travaux dirigés et 18 heures de travaux pratiques.

Contenu des enseignements

Cours magistraux
Cours 1 : Besoins nutritionnels et régulation du métabolisme énergétique – 4 h
Cours 2 : Régulation hormonale de la glycémie et diabète – 3 h 
Cours 3 : Régulation centrale de la prise alimentaire et mécanismes de l’obésité – 2 h
Cours 4 : Lipotoxicité et pathologies métaboliques – 3 h

Travaux dirigés
TD 1 : Microbiote intestinal, alimentation et santé – 2 h
TD 2 : Nutrition maternelle et développement de pathologies métaboliques  –2 h
TD 3 : Alimentation industrielle : risques cachés pour la santé humaine – 2 h
TD 4 et 5 : Perturbateurs endocriniens : impacts sur le fonctionnement des gènes –4 h

Travaux pratiques
TP 1 : Test d’hyperglycémie provoquée – 3 h
TP 2 : Analyse nutritionnelle – 4 h
TP 3 : Impact du diabète sur le pancréas humain– 4 h
TP 4 : Diabète et stéatose hépatique non alcoolique – 3 h
TP 5 : Exercice physique et dépense énergétique – 4 h

Cette unité d’enseignement vise à explorer les interactions entre alimentation, métabolisme et santé, en abordant à la fois les mécanismes physiologiques de la nutrition et leurs dérèglements pathologiques, ainsi que l’impact des facteurs nutritionnels et environnementaux sur la santé humaine.

À l’issue de cette UE l’étudiant.e sera en mesure de :

OAV1.  Décrire les besoins nutritionnels de l’organisme et expliquer les mécanismes physiologiques impliqués dans le métabolisme énergétique.
OAV2. Expliquer les processus de régulation de l’homéostasie glucidique et du comportement alimentaire.
OAV3. Comprendre les mécanismes physiopathologiques à l’origine du diabète et de l’obésité.
OAV4. Identifier et caractériser les interactions entre alimentation, microbiote intestinal et santé.
OAV5. Évaluer les effets d’une alimentation déséquilibrée ou de contaminants alimentaires sur la santé humaine.
OAV6. Analyser, interpréter et discuter de manière critique des résultats expérimentaux en lien avec la nutrition et le métabolisme.
OAV7. Synthétiser et communiquer les connaissances acquises à travers un exposé oral didactique.

L’unité d’Enseignement Nutrition, Alimentation, Métabolisme et Santé a pour objectif de permettre aux étudiants d'acquérir les bases physiologiques de la nutrition et du métabolisme énergétique. Elle explore les interactions entre alimentation, environnement et santé humaine, en mettant l’accent sur les déséquilibres à l’origine de pathologies métaboliques telles que le diabète, l’obésité et la stéatose hépatique.
Cette UE, organisée en 12 heures de cours magistraux, 10 heures de travaux dirigés et 18 heures de travaux pratiques, aborde aussi bien les aspects fondamentaux que les approches expérimentales. Les cours magistraux traitent des besoins nutritionnels et de la régulation du métabolisme énergétique, de la régulation hormonale de la glycémie, du contrôle central de la prise alimentaire et des mécanismes physiopathologiques du diabète et de l’obésité.
Les travaux dirigés permettent d’approfondir des thématiques transversales en mettant l’accent sur le rôle physiologique du microbiote intestinal, et l’influence de la nutrition maternelle, de l’alimentation industrielle et des perturbateurs endocriniens sur les fonctions métaboliques et la santé humaine. Les travaux pratiques offrent quant à eux une approche expérimentale de la physiologie nutritionnelle, à travers des manipulations portant sur le test d’hyperglycémie provoquée, l’analyse nutritionnelle, l’étude histologique du pancréas diabétique et du foie stéatosique et la dépense énergétique liée à l’exercice physique.
Par ailleurs, les étudiants sont amenés à restituer leurs connaissances sous la forme d’exposés oraux en groupe. Cet exercice permet de mobiliser et de structurer les acquis théoriques, de développer des capacités de vulgarisation scientifique, de communication orale et de travail collaboratif. 
L’évaluation des connaissances et des compétences consiste, pour la première session, en un examen écrit (contrôle terminal) qui représente 60% de la note finale et un contrôle continu incluant les notes des comptes rendus des TP, et la note de l’exposé oral qui représente 40 % de la note finale. L’examen de la deuxième session consiste en une épreuve écrite.

Programme de Géosciences de 1ere année de Licence des parcours Biologie-Chimie-Sciences de la Terre ou Physique-Chimie-Sciences de la Terre
Connaître les notions fondamentales associées à l’échelle des temps géologiques (comme elle est élaborée et représentée)
Connaitre la définition d’un fossile et avoir des notions sur les processus de fossilisation.

Ce module présente l’histoire de notre planète au cours des temps géologiques depuis la formation de la Terre, les premiers vestiges de l’activité biologique et les hypothèses sur l’origine de la vie.
Une étude des roches exogènes précambriennes (par exemple: stromatolites, gisements de fer rubané), est présentée afin de comprendre l’évolution initiale de l’atmosphère et de l’hydrosphère. Ce long voyage dans le temps se poursuit avec l’explosion cambrienne et les grandes étapes de la conquête du milieu terrestre et du milieu aérien jusqu’à la fin de l’Ere Cénozoïque.
Enfin, les grandes étapes de la diversification de la vie, les corrélations avec les changements environnementaux, les radiations et extinctions ainsi que les notions de crise biologique sont amplement traitées. Des séances de TP sur fossiles complètent cette formation.

Les Objectifs d’Apprentissage Visés de cette UE sont :

Estimer la mesure du temps en géologie. Il s’agira pour l’étudiant d’intégrer les notions de base sur la mesure du temps au-delà des époques historiques en interprétant des phénomènes géologiques et biologiques enregistrés dans les roches et par les fossiles à travers une double approche basée sur la chronologie absolue à partir de la décroissance radioactive de certains éléments chimiques (méthodes K-Ar, Rb-Sr et du carbone 14) et sur la chronologie relative d'événements à partir d'exemples et d'observations sur des fossiles Maitriser les outils permettant les reconstructions paléogéographiques. L’étudiant pourra reconstruire les positions des continents au cours de l’histoire de la Terre en utilisant les concepts des anomalies magnétiques marines et des enregistrements paléomagnétiques continentaux. Reconnaitre les principaux groupes taxonomiques.  L’étudiant observera et distinguera les grandes familles d’organismes fossiles par l’étude des groupes taxonomiques les plus significatifs. Des compétences de description macroscopique et microscopique (manipulation de microscopes) seront mobilisées. Interpréter les modalités d’évolution des organismes. L’étudiant pourra encadrer l’évolution des taxons le plus significatifs dans un contexte paléogéographique et paléoclimatique et déterminera les liens avec les principales crises de la biosphère.

Amaudric du Chaffuat, S. (2008). La Terre et la Vie, quatre milliards d’années d’histoire, Focus, CRDP Académie de Grenoble Ed.
Gargaud M. et coll. (2003). Les traces du vivant. Presses Universitaires de Bordeaux Ed.
Gargaud M. et coll. (2005). Des atomes aux planètes habitables. Presses Universitaires de Bordeaux Ed.
F. , Evolution de la biosphère et événements géologiques, Gordon & Breach, 199
P. et al. La mesure du temps dans l'histoire de la Terre. Vuiber 2005.

L’unité d’enseignement (UE) Phage Discovery allie recherche et de découverte. Les étudiants prélèveront des échantillons de l’environnement pour isoler et purifier des bactériophages, ces virus qui infectent les bactéries. Ce projet s’intègre dans le programme «SEA-PHAGES » ( Science Education Alliance- Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science) développé par un consortium d'universités américaines. Ce programme a permis d'isoler et de caractériser plus de plus de 5000 nouveaux phages depuis 2008. Certains d’entre eux ont même contribué à sauver de patients atteints d’infections par des bactéries résistantes aux antibiotiques. 
 Les étudiants réaliseront une première caractérisation de « leur » bactériophage par microscopie électronique et par analyse des profils de restriction de l’ADN viral. 
Les phages identifiés pourront faire l’objet d’approfondissements en troisième année de licence, dans le cadre de l’UE « Phage DNA Explorer ». Cette suite permettra d’annoter leur génome et de présenter les résultats lors : 1) du symposium en ligne du programme SEA-PHAGES (communication scientifique en anglais) ; 2) du congrès junior pluridisciplinaire à l’ENS Paris-Saclay (communication en français, orale ou sous forme de poster) organisé par la Graduate School MRES.

OAV1. Compétences techniques
 - Travailler en autonomie dans la pratique expérimentale au laboratoire, dans la recherche de solutions aux problèmes techniques parmi un ensemble de protocoles mis à disposition.
 - Utiliser des techniques de microbiologie classique : croissance en milieux liquides ou solides, enrichissement et isolement de phages par la technique de la double-couche (plages de lyse).
 - Expliquer le principe de la microscopie électronique en transmission, préparer les échantillons à observer (grille de microscopie).
 - Utiliser des techniques de biologie moléculaire : extraction d’ADN phagique, et caractérisation par profil de restriction.
  Rédiger précisément un cahier de laboratoire en ligne de type « Benchling ».
 
OAV2. Compétences d’analyse
 - Identifier et hiérarchiser des critères d’analyse des résultats à chaque étape.
 - Interpréter les images obtenues en microscopie électronique en transmission.
 - Représenter des résultats sous différentes formes en incluant une analyse statistique simple.
 - Synthétiser les résultats obtenus en vue de les présenter oralement dans un mini-symposium.
 
OAV3. Compétences de communication
 - Argumenter pour convaincre ses pairs du choix du génome qui fera l'objet d'une analyse génomique ultérieure (UE projet en L3: "Phage DNA Explorer").

L’UE Phage Discovery est organisée en 10 séances : 
-        9 séances de travaux pratiques, incluant une demi-journée à la plateforme de microscopie électronique de l’I2BC à Gif-sur-Yvette
-        un mini-symposium où chaque binôme présente, nomme et "défend" son bactériophage. À l'issue des présentations, un vote est organisé afin de sélectionner collégialement les deux génomes qui seront séquencés à l’université de Pittsburgh dans le cadre du programme SEA-PHAGES.
Les étudiants seront évalués sur la qualité de leur cahier de laboratoire, leur participation et respect des règles de sécurité au laboratoire, la rédaction d’une note de synthèse décrivant le phage caractérisé et leur présentation orale.

Cette UE a pour objectif de vous initier à l’univers des bactéries et à leurs applications. À travers des travaux pratiques, vous découvrirez les méthodes d’observation et de manipulation des bactéries en conditions de sécurité. L’accent sera mis sur la parasexualité bactérienne, avec la mise en œuvre et l’analyse des principaux mécanismes de transfert de matériel génétique : transformation, conjugaison et transduction.
Vous étudierez également l’effet de différents agents sur la croissance bactérienne, qu’ils soient physiques (rayonnements UV) ou biologiques (antibiotiques). Vous explorerez par ailleurs le rôle des bactéries dans des processus de biotransformation tels que la production de yaourt.
Enfin, des exposés permettront d’illustrer l’importance des micro-organismes (bactéries et phages) dans des domaines variés : industrie agroalimentaire, environnement, et santé humaine.

Compétences scientifiques et techniques
• OAV1. Réaliser des manipulations microbiologiques en respectant les règles d’asepsie et de sécurité en laboratoire.
• OAV2. Utiliser le microscope pour observer différentes bactéries et distinguer les caractéristiques des bactéries Gram-positives et Gram-négatives.
• OAV3. Suivre et représenter la croissance bactérienne, identifier les facteurs qui l’influencent et appliquer ces notions à un exemple de biotransformation (production de yaourt à partir de lait).
• OAV4. Mettre en œuvre des expériences illustrant les mécanismes de transfert de matériel génétique chez les bactéries (conjugaison, transduction, transformation).
Compétences transversales
• OAV5. Construire une démarche scientifique complète : formuler une hypothèse, concevoir un protocole expérimental (étapes et contrôles nécessaires) et le justifier.
• OAV6. Interpréter des résultats expérimentaux et en tirer des conclusions argumentées.
• OAV7. Effectuer une recherche bibliographique pertinente, sélectionner de manière critique les sources et présenter un exposé sur un thème illustrant les enjeux actuels de la microbiologie.

Cette UE se vit avant tout au laboratoire ! Vous réaliserez des travaux pratiques où vous apprendrez à manipuler des bactéries, étudier leur croissance et analyser vos résultats, avec des notions théoriques directement liées à vos expériences.
Au début de chaque séance, vous construirez ensemble le protocole expérimental, en discutant pour répondre à des questions scientifiques. Les résultats seront ensuite analysés lors de la séance suivante, vous mettant ainsi dans une véritable démarche de recherche.
Pour chaque TP, vous rédigerez un rapport scientifique, ce qui vous permettra d’apprendre à structurer vos résultats et à présenter vos analyses par écrit.
Dès la première séance, vous choisirez en binôme un sujet qui vous intéresse en microbiologie et le présenterez en fin d’UE. Ce travail vous aidera à maîtriser la communication scientifique orale, à synthétiser vos idées et à développer votre esprit critique.

Pas de pré-requis particuliers si ce n'est des connaissances en biologie de niveau L1.

L’option « Neurosciences et Pathologies Cognitives » présente les concepts fondamentaux de la cognition et aborde la question des bases neurobiologiques impliquées dans des troubles cognitifs et comportementaux et dans des pathologies neuro-développementales (Déficiences intellectuelles) ou neuro-dégénératives (maladie d’Alzheimer).
 Cette option est composée de 12h CM, 12 TP et 16h TD.

À l’issue de cette option, les étudiants-e-s seront en mesure de :
 OAV1. Identifier certaines bases physiologiques et neuronales liées à la cognition et ses dysfonctionnements pathologiques.
 OAV2. Collecter, organiser en autonomie et analyser des données recueillies lors d’un travail d’observation en TP.
 OAV3. Analyser, interpréter, critiquer des résultats expérimentaux et/ou des protocoles d’expériences dans le domaine des neurosciences cognitives et les communiquer.

Programme de l'option :
 CM (12h) : Homologies du Système Nerveux chez les mammifères, anatomie du cerveau (1h30) / Activité électrique cérébrale, neurones synapse (2h) / Apprentissages/mémoires (2h) / Effet du stress sur les fonctions cognitives (2h) / Pathologies neurodéveloppementales : exemple des déficiences intellectuelles (1h30) / Pathologies neurodégénératives : exemple de la Maladie d’Alzheimer VE (1h30) / Primates non humains et pathologies mentales (1h30)
 TP (4X3h) : TP électro-encéphalographie (EEG) / TP Conditionnement chez poisson / TP Influence du stress sur la mémoire chez la souris / TP histologie des structures cérébrales. 4 Compte-rendus de TP seront demandés.
 TD (16h) : Conférences avec des intervenants extérieurs en vue d'une table ronde / débats sur des thématiques de recherche (3h) expérimentation animale et pathologies cognitives / Trouble du stress post-traumatique / Addiction) / TD Hypothyroïdie et désordres cognitifs (1h30) / TD Techniques d'imagerie et d'activation cérébrales (1h30) / TD correction compte rendu de TP (2h) / EXPOSÉS : illustration de certaines pathologies (5h). Ces exposés seront réalisés par groupe d'étudiants et présentés à l'oral. Cette présentation sera notée.

Neurosciences : A la découverte du cerveau. Bear, Connors, Paradiso. Editions Pradel
-Psychobiologie : De la biologie du neurone aux neurosciences comportementales, cognitives et cliniques. S. Marc Breedlove, Mark R. Rosenzweig, Neil V. Watson. Editions De Boeck

Cette UE de découverte a pour objectif de présenter aux étudiants la diversité des insectes en privilégiant un aspect « histoire des sociétés » et développement durable.

CM

• Diversité des insectes (1h)

• Représentations à travers les âges (2h) : des peintures pariétales au cinéma, phobies et imaginaire

• Des insectes « historiques » (4h) : La puce et la peste, le vers à soie et Pasteur, le phylloxera et la vigne
  Insectes et anthropisation (3h) : pollution et espèces bioindicatrices, risques épidémiologiques, espèces invasives

  TP

• Étude entomologique d’une mare ou d’un sous-bois, prélèvements au cours d’une sortie réalisée sur le campus et détermination (6h)

• Mini projet de recherche (4h)

• Visite d’un laboratoire de recherche travaillant sur les insectes, Laboratoire EGCE, CNRS Gif sur Yvette (6h)

  TD

• Cycles biologiques et diversité (3h)

• Les sociétés d’insectes (3h) : exemple des Termites (+ film)

• Les insectes, une ressource pour la société humaine (4h) : Ressources alimentaires, industrielles et médicales, usages, lutte biologique

• Restitution des mini-projet (4h)

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront capables de :
OAV1. Reconnaitre les principaux ordres d'insectes, de connaitre leur cycle biologique et de citer pour chacun de ces principaux ordres un exemple concret d'insectes utiles et d'insectes nuisibles.
OAV2. Formuler une question scientifique se rapportant à l'étude des insectes en rapport avec les services rendus / dommages causés aux sociétés humaines et proposer une méthodologie adaptée (échantillonnage, outils d’analyse, traitement des données) pour y répondre.

Connaissances niveau L1 sur la structure et l’expression de l’information génétique.

Le génie génétique correspond à l’ensemble des procédés et savoirs mis en œuvre pour (1) l’identification, l’étude des gènes, de leur expression et (2) la modification de la constitution génétique d'un organisme en supprimant, en introduisant ou en remplaçant de l’ADN. Les outils de génie génétique peuvent permettre ainsi l’obtention d’organismes génétiquement modifiés (OGM) (animaux, microbiens ou végétaux) présentant une caractéristique nouvelle ou la perte d’une caractéristique. Le génie génétique est un champ très actif de la recherche, avec des applications possibles dans les domaines de la santé humaine et animale, l’agriculture, l’agro-alimentaire et l’environnement. 
Cet enseignement de découverte aborde la notion de modification des génomes et d'OGM par différents angles, allant de l'aspect purement scientifique (techniques de modification des génomes en incluant les nouvelles techniques génomiques) à l'aspect éthique et sociétal (enjeux sociétaux, écologiques). Il s'agit d'un enseignement transversal faisant intervenir des disciplines aussi variées que la microbiologie, la biologie moléculaire, la biologie végétale et animale, l'écologie et l'éthique. Les étudiants doivent acquérir dans un premier temps des notions théoriques et pratiques multidisciplinaires relatives aux OGM puis, dans un second temps, mobiliser ces connaissances pour développer et présenter un aspect de ce thème sous la forme d'un exposé.

Cours (16,5 h) :
- Introduction de l’UE, notions introductives pour les TP.
- Définition des OGM. Construction de micro-organismes génétiquement modifiés et domaines d’utilisation des micro-organismes génétiquement modifiés.
- Production et intérêts des plantes génétiquement modifiées.
- Transformation des animaux et applications : l’exemple du xénope.
- Plantes transgéniques : risques, évaluation des risques, discussion autour de la perception sociétale des OGM. 
- Les nouvelles techniques de manipulation génétique et règlementation.
- Utilisations et cultures de plantes génétiquement modifiées dans un institut de recherche (présentation associée à une visite de l’Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay).

TP (23,5 h) :
- Transformation de bactéries par choc thermique et sélection.
- Transformation de plantes via Agrobacterium tumefaciens (tabac, Arabidopsis) : transformation, sélection, analyse et caractérisation.
- Utilisations et cultures de plantes génétiquement modifiées dans un institut de recherche (visite des espaces de culture de l’IPS2).
- Expression d’un gène rapporteur (GFP) par transgenèse chez Xenopus laevis et invalidation du gène de la tyrosinase via la technique Crispr-Cas9 (en demi-groupe).

Exposés + table ronde/débat autour de thèmes sociétaux sur les OGM.

À l’issue de l’UE, les étudiants seront capables de :
- OAV1. Définir la notion d'Organisme Génétiquement Modifié (OGM) en mentionnant les principales techniques de génie génétique utilisées pour modifier les génomes (microbiens, végétaux, animaux), leur principe, et en incluant les nouvelles techniques de manipulation génétique comme le CRISPR-Cas9.
- OAV2. Citer les principaux domaines d’utilisation des OGM et discuter leurs enjeux sociétaux et éthiques ; développer un esprit critique vis-à-vis d’un thème de société et savoir discuter/débattre de ce sujet en groupe.
- OAV3. Appliquer un protocole expérimental pour répondre à une question biologique (obtention/caractérisation d’un OGM), en réfléchissant aux principes des techniques de génie génétique utilisées et en proposant des témoins à réaliser pour valider les expériences.
- OAV4. Réaliser des expériences en conditions de laboratoire, en suivant les bonnes pratiques de laboratoire (travail en conditions stériles, travail avec des OGM). 
- OAV5. Analyser, interpréter et discuter les résultats obtenus.
- OAV6. Rechercher des informations sur différents supports (articles scientifiques, articles de vulgarisation, web), les confronter et en faire une synthèse objective à l’oral (exposé avec un support numérique).

L’UE comporte 16,5 h de cours qui introduisent les notions scientifiques et sociétales autour de l’obtention et l’utilisation des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM) microbiens, animaux et végétaux. Ces cours seront principalement placés en début d’UE et seront complétés par des travaux pratiques (23,5 h) qui illustreront quelques techniques utilisées pour l’obtention et la caractérisation de bactéries, xénopes et plantes (tabac, Arabidopsis) génétiquement modifiés. Une visite d’un institut de recherche sera organisée pour illustrer l’utilisation des OGM en recherche fondamentale et les réglementations mises en place pour leurs manipulations.
En début d’UE, les étudiants choisiront un thème ayant trait aux OGM et travailleront en binôme tout au long de l’UE pour la préparation d’un exposé. Les exposés seront présentés le dernier jour de l’UE, devant tous les étudiants. Cette séance d’exposés offrira l’occasion de discuter et débattre des enjeux scientifiques et sociétaux liés aux OGM, et de mettre en perspective les interactions entre science et société sur des exemples concrets.
Les étudiants seront évalués sur leur exposé (40 % de la note finale), sur un compte-rendu de TP (30 %) et sur un examen écrit terminal (30 %) portant sur les notions vues en cours et en TP.

André Gallais, Agnès Ricroch (2006). Plantes transgéniques : faits et enjeux. Editions Quae. 
Olivier Danielo (2001). Transgenèse animale et clonage. Editions Dunod, collection Sciences sup.

L’UE est organisée autour de quatre grandes questions traitant des relations entre l’homme et la biodiversité :
 
  Qu’est-ce que la biodiversité et comment peut-on la mesurer ? 
  Quelles sont les valeurs attribuées à la biodiversité par l’homme ?
  Quelle biodiversité protéger et comment concilier les activités humaines et la protection de la biodiversité ?
  Comment les plantes réagissent-elles au stress causé par le changement climatique ?

OAV1. Décrire et utiliser certaines méthodes de mesure de la biodiversité.
OAV2. Décrire certains des services rendus par la biodiversité aux sociétés humaines.
OAV3. Comprendre les stratégies adoptées par les plantes en réponse au changement climatique.
OAV4. Identifier les enjeux, les acteurs ainsi que les différentes stratégies de la protection de la biodiversité.
OAV5 (transversal). Mener une recherche bibliographique puis analyser et commenter les études scientifiques identifiées comme pertinentes.
OAV6 (transversal). Restituer les connaissances sous la forme d’un exposé de groupe didactique.
OAV7 (transversal). Organiser et participer à un débat de façon dynamique et constructive.

Pour les questions abordées dans l'UE, les approches pédagogiques classiques seront complétées par des visites de la serre du campus, des projets de groupe restitués sous forme d’exposés, une sortie sur le terrain visant à réaliser un projet, un jeu de rôle illustrant le rôle des acteurs impliqués dans la gestion d’une question sensible de biodiversité.

Objectif : Comprendre comment les connaissances biologiques se sont construites historiquement, une autre façon de faire de l’histoire des sciences. 
Contenu : Introduction à l’histoire des Sciences et objectifs de l’UE ; Les femmes invisibles de la génétique (exemples :   Rosalind Franklin, Barbara McClintock) ; Des théories scientifiques mal comprises/rejetées ; L’ADN dans la culture populaire ; Au croisement des histoires personnelles et l’Histoire ; Mini-projet.

Objectifs pédagogiques :
• Comprendre comment les connaissances biologiques se sont construites historiquement.
• Explorer les usages de découvertes scientifiques dans les films, séries, pubs, ou romans et les représentations sociales de la science 
• Acquérir des notions fondamentales en génétique, évolution, biologie moléculaire au travers des cas concrets.
• Développer l’esprit critique, les compétences argumentatives et la capacité à collaborer.
• Expérimenter des dispositifs pédagogiques innovants (jeu d’enquête, débat scientifique, escape game).

Objectifs d'apprentissage visés :
- Disciplinaires Mobiliser des savoirs en biologie (génétique, évolution, biologie moléculaire)
- Transversales Situer une découverte dans son contexte historique, scientifique et social.
- Analyser des documents, débattre, formuler une hypothèse, argumenter
- Communication Prendre part à une présentation orale, construire un argumentaire ou faire une reconstitution

Dispositifs pédagogiques utilisés :
- Jeux d’enquête historiques autour de figures scientifiques : travail en autonomie supervisée ; Analyse en groupe d’un dossier pédagogique contenant des documents historiques et actuels (extraits d’articles scientifiques, lettres) : restitution originale par les étudiants (débat ; mise en scène ; procès …)
- Constitution d’un dossier de presse sur un sujet au choix et présentation à l’oral
- Mini-projets collaboratifs : Escape games pédagogiques proposés par les étudiants

Cette UE ne nécessite pas de prérequis. Elle est destinée à ouvrir la curiosité scientifique et technologique chez les étudiants.

Ce cours abordera l'interface physique/biologie à différents niveaux d'organisation ou d'échelles de grandeur :

Les origines de la vie. Métabolisme énergétique et imagerie. Lois d'échelle et fractales. Systèmes dynamiques et non-linéarité.

OAV1. Avoir une vision complémentaire d’un sujet scientifique abordé du point de vue de la biologie et de la physique.
OAV2. Questionner les enjeux scientifiques, éthiques et sociétaux des Sciences de la Vie.
OAV3. Comprendre et utiliser un double langage aussi bien adapté à la Physique qu'à la Biologie.

Chaque thème est abordé selon deux points de vue : vision biologique et vision physique. Chaque thème inclut un cours suivi de quizz et d'exercices.

Ouvrages relatifs aux sujets traités.

Notions de base de mécanique du point : lois de Newton, statique et dynamique pour des problèmes à 1 dimension.

Energie mécanique
Travail d’une force, énergie cinétique, théorème de l’énergie cinétique. Force conservative, énergie potentielle, énergie mécanique, théorème de l’énergie mécanique.
Mécanique des fluides
Statique des fluides : Rappels de statique des fluides (masse volumique, densité, pression, poussée d’Archimède, loi d’évolution de la pression avec la profondeur). Loi d’évolution de la pression avec la profondeur pour un fluide de masse volumique non constante.
Dynamique des fluides : Fluide parfait incompressible en écoulement laminaire : loi de conservation du débit, théorème de Bernoulli. Fluide réel incompressible en écoulement laminaire ou turbulent : force de viscosité, loi de poiseuille (profil transverse de vitesse, perte de charge), régime turbulent (nombre de Reynolds).

OAV1 : Savoir analyser un résultat et discuter sa cohérence.
OAV2 : Présenter les principes de la mécanique et montrer qu'ils s'appliquent à de très nombreux phénomènes.
OAV3 : Etudier des systèmes dynamiques et comprendre le rôle central joué par la conservation de l'énergie.
OAV4 : Acquérir de l’autonomie face à une question scientifique.

L'UE compte 25h de cours-TD intégrés et un contrôle continu des enseignements.

Yan PICARD, Physique: Outils et méthodes pour réussir la L1, DeBoeck Supérieur, ISBN-10 : 2807321909, ISBN-13 : 978-2807321908
Eugène HECHT, Physique, DeBoeck Supérieur, ISBN-10 : 2744500186, ISBN-13 : 978-2744500183

Le théâtre forum permet d’aborder collectivement une problématique donnée, de provoquer des échanges, de réfléchir et comprendre ensemble sur scène dans un cadre bienveillant et ludique. A partir d’un conflit d’actualité et de leurs vécus, les étudiants dans ce projet d’UE créent et interprètent des scènes conduisant à une impasse, ce qui provoque par la suite un moment de discussion théâtrale. Le public, interrogé par le metteur en scène, est invité à réfléchir sur la démarche permettant d’affronter les conflits joués sur scène. Devenu spectActeur, entrant en scène, le public met en action ses idées, sa volonté de changer la situation. Il s’agit en fait d’affronter et de construire ensemble, étudiants/acteurs et public, des alternatives possibles à la problématique mise en scène. 

Cette UE est ouverte à tous et toutes, il n’y a pas besoin d’avoir fait du théâtre auparavant.

OAV1. Réaliser/concevoir un projet collaboratif en utilisant le langage théâtral et le présenter à un public concerné. 
OAV2. Créer un espace de négociation collective autour d’un thème alliant sciences et société. 
OAV3. Susciter l’expression et la confrontation des points de vue de chacun. 
OAV4. Etudier ensemble les propositions et pistes d’actions.

L'unité d'enseignement comporte :
- 5 ateliers de 4 h (jeux de cohésion de groupe, co-construction des saynètes)
- une séance de théâtre-forum de 2h
- une séance-bilan de 3h (collecte des pistes de réflexions proposées lors du théâtre-forum, élaboration des pistes d’actions)

Chimie de la L1 parcours BCST ou PCST / MPC

La réactivité des molécules organiques est introduite en quatre parties :

Première partie : Réactions de Substitution Nucléophile

Réactions de Substitution Nucléophile d'ordre 1 (SN1) Réactions de Substitution Nucléophile d'ordre 2 (SN2)

Deuxième partie : Additions électrophiles sur les alcènes

Réactions non stéréospécifiques avec intermédiaire carbocation Réactions stéréospécifiques anti ou syn

Troisième partie : Réaction d'addition nucléophile sur les dérivés carbonylés

Réaction d'addition de nucléophiles forts (Hydrures, Carbanions) . Réaction d'addition de nucléophiles faibles (Alcools : réaction d'acétalisation, Amines : formation d'imines) Utilisation en synthèse organique : Précurseurs d'alcools et formation de liaisons C-C et C=C.

Quatrième partie : Réactivité des acides carboxyliques et de leurs dérivés

Les acides carboxyliques et leurs dérivés Réaction d'addition-élimination avec des nucléophiles forts

OAV1. Identifier le type de réactivité mise en jeu dans une réaction impliquant des molécules organiques.
OAV2. Localiser le(s) sites(s) réactif(s) au sein d'une molécule organique et anticiper sa(leurs) réactivité(s) relatives.
OAV3. Assimiler et savoir mobiliser les mécanismes fondamentaux des réactions organiques : Substitutions Nucléophiles (SN1, SN2); Additions électrophiles sur les alcènes; Addition Nucléophile sur les dérivés carbonylés; Addition/élimination sur les acides carboxyliques et leurs dérivés.

Enseignement avec cours magistraux, travaux dirigés et analyses de documents. Mise à disposition d’éléments pédagogiques numériques (documents de cours et TD, annales, FlashCards)
Interrogations en TD, examen final.

« Chimie Organique », N. Rabasso, De Boeck.
« Chimie Organique : les grands principes », J. Mc Murry, De Boeck.
« Chimie Organique », J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers, Oxford.
« Traité de Chimie Organique », P. Vollhardt et N. Schore, De Boeck.
« Chimie Organique : Tout le cours en fiches », J. Maddaluno, V. Bellosta, I. Chataigner, F. Couty, L. Garcia, A. Harrison-Marchand, M.-C. Lasne, C. Lopin-Bon, J. Rouden, Dunod

Cette UE de L2 "Ergonomie, Prévention des Risques" a été pensée en articulation avec l’UE de L1 "Fonctionnement de l'Homme en activité" et l’UE de L3 "Ergonomie, Santé, Travail". Elle a pour objectif de sensibiliser les étudiant à l’ergonomie et de leur permettre d'acquérir les connaissances et compétences fondamentales nécessaire pour intégrer le Master "Ergonomie et Facteur Humains" de l’Université Paris-Saclay. Cette unité d’enseignement s’organise selon trois modules. Le premier est un apport de connaissances théoriques sur les facteurs de pénibilité au travail. Le second module vise à découvrir l’ensemble des facteurs de risques au travail et à apprendre aux étudiants à réaliser une analyse de la littérature sur les facteurs de pénibilité au travail. Le troisième est un module de travaux pratique. Il vise à découvrir et à maitriser certains outils pédagogiques de prévention.

À l’issue de cette unité d’enseignement, les étudiants devraient savoir

OAV1. Reconnaitre l’ensemble des facteurs de risques au travail.
OAV2. Construire et présenter une revue de la littérature au regard d’un facteur de risque.
OAV3. Décrire les différents aspects de la prévention.
OAV4. Utiliser des outils pédagogiques de prévention.

Les enseignements regroupent des cours magistraux, des travaux dirigés et des travaux pratiques dispensés par un enseignant-chercheur. Ils visent à apporter des connaissances fondamentales sur la pénibilité au travail et la prévention des risques pour la santé des opérateurs.
 L'UE inclut deux modules complémentaires :
 Le premier module apporte des connaissances sur les facteurs des risques et illustre cette question en abordant plus particulièrement un facteur de pénibilité, le travail en situation de pression modifiée (hyperarie et hypobarie).
 Dans le second module, les étudiants doivent réaliser en binôme une revue de la littérature donnant lieu à une présentation orale sur un facteur de risque de leur choix. L’objectif étant de couvrir l’ensemble des facteurs de risques prévus par le code du travail. Une séance d’accompagnement est organisée pour apprendre aux étudiants à réaliser cet exercice.
 Le troisième module propose sous forme de TP la découverte d'outils de prévention (Dynamomètres, EGM  mesures ORL clinique, Cardiofréquencimétrie).

Le Travail en ambiance chaude. Ph Mairiau, J Malchaire Principes, méthodes, mise en œuvre (Collection de monographies de médecine du travail). Elsevier Masson; 1 janvier 1990.
Travail à la chaleur. Dossier INRS Santé et sécurité au travail. DOSSIER. TRAVAIL À LA CHALEUR. Ce qu'il faut retenir. http://www.inrs.fr/risques/chaleur/reglementation.html
Travailler dans une ambiance thermique froide TURPIN-LEGENDRE E., ROBERT L., SHETTLE J., TISSOT C., AUBRY C., SIANO B. http://www.inrs.fr/media.html?refINRS=TC%20167
Travailler dans une ambiance thermique chaude. ROBERT L. / TURPIN-LEGENDRE E. / SHETTLE J. / TISSOT C. / AUBRY C. / SIANO B. (2019) http://www.inrs.fr/media.html?refINRS=TC%20165
Les réponses physiologiques à l’environnement thermique. W. Larry Kenney Partie VI. Les risques professionnels . Chapitre 42 - La chaleur et le froid. http://www.ilocis.org/fr/default.html

Cette option a pour objectif de compléter l’enseignement obligatoire « Informatique pour la Biologie » du premier semestre. Elle s’adresse aux étudiants qui souhaiteraient 1) aborder des notions de programmation avancées (langage Python) et 2) mettre en application ces compétences dans le cadre d’un projet en biologie (simulation de la dynamique d’une population par exemple). Des outils aidant le travail collaboratif en informatique (Git/GitHub) seront présentés et utilisés lors du projet. Ce sont des outils dont l’utilisation est aujourd’hui incontournable, aussi bien dans les laboratoires de bioinformatique que les entreprises privées.

Les objectifs d'apprentissage visés sont : OAV1. Définir une structure informatique de données adaptée à un problème biologique donné. OAV2. Décrire les étapes d'un programme informatique à l'aide de boucles et de tests. OAV3. Implémenter un programme informatique avec le langage Python. OAV4. Partager, exécuter, tester un programme information. OAV5. Utiliser des plateformes pour le travail collaboratif.

Séances de travaux pratiques en effectif limité (max. 25) avec un double encadrement (Gaëlle Lelandais et Anne Lopes).

Les séances se dérouleront en salle informatique, avec une alternance de phases de cours et de phases de mise en application pratique. Des évaluations des acquis de compétences seront proposées régulièrement aux étudiants, sous la forme de questionnaires (QCM). Le travail en groupe sera encouragé lors des mises en applications pratiques. Un forum sera mis à la disposition des étudiants, pour favoriser les discussions et le partage d’informations en dehors de la classe.

https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/

Cette UE, sous un format cours/TDs, vise à aborder les grands enjeux environnementaux remis en perspective par des travaux en sciences humaines et sociales. Parmi les enjeux abordés, on peut citer: le changement climatique, le développement durable, l'industrie nucléaire et la gestion des risques, la pollution, l'anthropocène...

- Savoir susciter la réflexion sur des questions scientifiques à forts enjeux sociétaux
- Développer un sens critique
- Apprendre à lire des textes en relevant la structuration de l’argumentation 
- Développer la rigueur de la lecture 
- Travailler sur des notions et les comprendre 
- Savoir travailler son vocabulaire et l’enrichir à partir de ces textes 
- Travailler en équipe / préparer un exposé à l'oral
- Travailler des compétences professionnelles (qualités de synthèse et d’argumentation, etc…)

L'UE est organisée en 8 séances de 3 heures qui alternent séances de travail avec l'enseignant  et séances de travail en autonomie de manière collective. Les différents thèmes (changement climatique, développement durable, industrie nucléaire, pollution...) sont introduits et travaillés, d'abord en autonomie à travers l'étude d'articles d'historiens, de sociologues ou d'anthropologues des sciences et des techniques, puis avec l'enseignant qui aide à la mise en perspective analytique du travail présenté par les étudiants. Un débat entre les participants clôt chaque séance.
À la fin de l'UE, les étudiants doivent être capables de revenir sur chacun des thèmes étudiés et d'en proposer une analyse critique et argumentée, a minima sur un des angles d'analyses abordés.

L’objectif de cette UE est de sensibiliser les étudiants à la démarche de vulgarisation scientifique et plus particulièrement à la médiation scientifique envers le grand public. Le niveau de connaissances scientifiques du public cible correspond donc environ à la 3ème. Pour atteindre cet objectif, la pédagogie mise en œuvre est une pédagogie active principalement basée sur une approche par problème. Les étudiant, par groupe, devront imaginer et réaliser un ou plusieurs ateliers scientifiques sur une thématique choisie en accord avec l’équipe pédagogique. Une évaluation des travaux par les pairs, au moyen d’une grille critériée mise au point par l’équipe pédagogique, sera également mise en place dans le but de permettre à l’étudiant de prendre un recul maximum sur le travail réalisé

À l’issue de cette unité d’enseignement, l’étudiant sera en mesure de : OAV1. Identifier des leviers permettant de faciliter la communication scientifique auprès du grand public. OAV2. Concevoir des ateliers scientifiques pour le grand public en adaptant son discours au public cible. OAV3. Evaluer la qualité pédagogique d’un atelier scientifique sur la base de critères prédéfinis. OAV4. Animer efficacement des ateliers scientifiques.

L’UE sera découpée en 3 phases successives :

La première partie permettra aux étudiants d’acquérir des connaissances de bases en matière de vulgarisation : observation d’ateliers scientifiques réalisés à la MISS avec des élèves de classes de primaires ; cours traditionnels.
La seconde partie sera consacrée à la réalisation d’un projet de médiation scientifique visant à concevoir des ateliers destinés au grand public.
La troisième et dernière partie sera consacrée à la mise en situation avec présentation au public cible (personnels du campus ou non, collégiens, lycéens ou adultes) des ateliers réalisés.

L’UE s'appuie sur les connaissances et compétences acquises dans les UE Mathématiques (L1S1), Statistiques pour la Biologie (L2S3) et Informatique pour la Biologie (L2S3). Elle mobilise l'ensemble des connaissances de biologie de niveau L2 de la licence SdV.

L’objectif de cette UE est de familiariser les étudiants avec l'exercice de modélisation mathématique en biologie. Les quatre premières séances se déroulent sous la forme d'un cours intégré en salle informatique et permettent d’appréhender/réviser, à partir d'exemples, des outils de mathématiques : étude de fonctions, systèmes d’équations différentielles ordinaires, modélisation probabiliste de systèmes dynamiques. Le reste du cours est un travail sur projet, réalisé en binôme. Chaque binôme choisit une question biologique et propose un modèle pour la traiter (le modèle peut-être un schéma, une équation, un algorithme, ...). Les outils vus en cours serviront à traiter la question et proposer une résolution. Durant ces séances, les enseignants sont à la disposition des étudiants pour les aider dans leur travail.

Objectifs d’apprentissage visés :
OAV1. Utiliser un formalisme mathématique pour représenter une question de biologie.
OAV2. Associer la forme graphique d'une fonction à son équation mathématique.
OAV3. Décrire un système dynamique par des équations de vitesse.
OAV4. Utiliser des méthodes numériques et des méthodes graphiques pour résoudre un système d'équations différentielles.
OAV5. Simuler un processus dynamique à l'aide de tirages aléatoires dans des lois de probabilité.
OAV6 (transversal). Travailler en groupe sur un mini-projet.
OAV7 (transversal). Synthétiser et rendre compte d’un projet à l’oral et à l’écrit.

L'évaluation comprend :

Une épreuve de contrôle continu de 30mn sur table (séance 5) : résolution d'exercices de mathématiques du type de ceux vus en cours. Un examen final sous la forme d'un exposé oral du projet, par binôme (10mn de présentation et 10mn de questions). La note prendra en compte le plan de l'exposé et la qualité de la présentation, le travail réalisé (modèle et analyse des résultats), la réponse aux questions, et aussi la qualité des questions posées sur les autres exposés. Un rapport écrit de deux pages (R), par binôme, sur le projet, qui sera rendu après l'examen.

Chimie de L1 (MPC ou BCST)

OAV1: Comprendre les analyses chimiques utilisées dans des kits d’analyse et dosage de protéines. 
OAV2: Maîtriser les concepts théoriques des méthodes analytiques mises en jeu dans ces protocoles. 
OAV3: Mobiliser ses connaissances théoriques pour réaliser une analyse critique de protocoles.
OAV4:Travailler en groupe. 
OAV5: Savoir lire et comprendre un texte scientifique en anglais.
OAV4: Utiliser les fonctions de base d'un tableur.

Cette UE se partage entre des cours magistraux où les notions de chimie sont rappelées (Absorption UV-Visible, Gels d'électrophorèse) . Les TD permettent la lecture et l'analyse des protocoles, puis de présentations orales après avoir extrait les réactions chimiques mises en jeu.

Invisibles à l’œil nu, les micro-organismes et les virus constituent les entités biologiques les plus abondantes et les plus diversifiées de la planète. Ils jouent un rôle fondamental dans le fonctionnement et l’équilibre des écosystèmes et ont été des acteurs majeurs de l’apparition puis de l’évolution de la vie sur Terre. Présents dans tous les cycles biogéochimiques, ils influencent profondément la dynamique du vivant.
Souvent bénéfiques plutôt que pathogènes, les micro-organismes exercent une influence considérable — longtemps sous-estimée — sur notre quotidien. Certains participent directement au maintien de la santé humaine, par exemple via le microbiote intestinal qui contribue à la digestion et protège contre des germes pathogènes. D’autres sont exploités en industrie, qu’il s’agisse de la production d’aliments et de boissons fermentées (pain, yaourt, vin), du traitement des eaux usées ou encore de la synthèse de composés d’intérêt comme les antibiotiques ou les biocarburants.
Cependant, certains micro-organismes représentent aussi une menace sanitaire majeure, responsables d’épidémies ou de pandémies. La compréhension et la maîtrise du monde microbien, ainsi que l’exploitation raisonnée de son potentiel, constituent donc des enjeux cruciaux pour nos sociétés dans des domaines aussi variés que la santé, l’agriculture, l’alimentation, l’environnement et le développement durable.
Cet enseignement propose d’explorer cette diversité — depuis les métabolismes microbiens jusqu’aux interactions au sein des écosystèmes — et d’aborder les stratégies antimicrobiennes et l’émergence préoccupante de résistances. Il vise à donner aux étudiants les clés pour comprendre les grands enjeux scientifiques et sociétaux actuels en Microbiologie.

OAV1. Identifier les grands types de micro-organismes (archées, bactéries, eucaryotes, virus) et expliquer leur abondance et leur diversité dans les écosystèmes humains, animaux, végétaux ou environnementaux.
OAV2. Expliquer le rôle des micro-organismes dans les cycles de la matière et discuter des applications liées à leur utilisation pour produire, de façon durable, des composés d’intérêt.
OAV3. Décrire et comparer les différents types d’interactions microbiennes au sein de communautés (biofilms, microbiotes) et dans la relation avec un hôte.
OAV4. Illustrer, à travers l’exemple du microbiote intestinal, l’importance des micro-organismes dans le maintien de la santé humaine.
OAV5. Différencier les principales stratégies de lutte contre les micro-organismes (antibiotiques, vaccination, phagothérapie, alternatives innovantes) et analyser les enjeux liés au développement de résistances aux agents antimicrobiens.
OAV6. Exploiter des documents scientifiques pour en extraire l’information essentielle, la présenter sous forme de poster et la communiquer efficacement à l’oral devant un public.

Enseignement intégré combinant cours magistraux, travaux dirigés et projets d’apprentissage actif par problèmes (APP), articulés autour des grands thèmes de la Microbiologie appliquée à la Santé et à l’Environnement.

Les éléments abordés lors de cette UE seront :

Biologie et écologie des populations

• effectifs, croissance, dynamique (croissance exponentielle et logistique)

• les tables d'histoire de vie

• les traits d'histoire de vie

• normes de réactions

• concept de métapopulations

  Écologie des communautés

• description, caractérisation des communautés

• les indices de diversités et la caractérisation des diversités alpha, beta et gamma

• concept de niche écologique

  Écologie des interactions plurispécifiques

• caractérisation des interactions (compétition, prédation, parasitisme et mutualisme); définitions - modélisation

• Modèles théoriques de compétitions et de prédation

OAV1. Définir les traits d’histoire de vie individuels, décrire les principaux et justifier leur influence sur la dynamique d’une population.
OAV2.   Décrire la variabilité individuelle en fonction des conditions environnementales. 
OAV3. Décrire les principales relations intra et interspécifiques qui structurent les communautés.
OAV4. Choisir et utiliser les indices de biodiversité à différentes échelles spatiales et temporelles.
OAV5. Mobiliser des concepts et outils des mathématiques et de la physique dans le cadre des problématiques d’écologie des populations et des communautés.

L'UE s'articulera sur une complémentarité entre cours magistraux et travaux pratiques (TP). 
Pour les partie Biologie et Écologie des populations et Interactions Plurispécifiques, deux TPs basés sur la simulation de populations et l'analyse de donnée viendront illustrer le cours.
Pour le cours d'Écologie des communautés, l'accent sera mis sur des activités de terrain, composante essentielle en écologie.
Deux TPs et un TD viendront ainsi compléter ce cours.
Lors d’un TD en salle, les étudiants s'attacheront à manipuler les outils de mesure de la biodiversité et se familiariser avec ces outils via des analogies. 
Un TP illustrera le concept de plasticité phénotypique et de normes de réactions. 
Un autre TP illustrera le concept de niche écologique. 
Pour les deux TPs , il s’agit dans un premier temps de faire des mesures sur le terrain de paramètres biologiques et physicochimiques. Dans un deuxième temps les étudiants seront en autonomie pour l'analyse de leur échantillonnage.

La physiologie est l'étude du fonctionnement des organismes vivants. Cette discipline met en œuvre des méthodes d'études spécifiques et fait appel à une rigueur dans le formalisme des concepts fondamentaux. L'enseignement est centré sur une introduction aux méthodes et aux concepts de la physiologie animale avec comme types cellulaires étudiés les neurones, les cellules gliales, sanguines et rénales. Il s'attache à traiter les interactions fonctionnelles entre ces types cellulaires conduisant à une meilleure compréhension de l’organisme entier. Le module est structuré en deux parties, l’une qui porte sur l'environnement liquidien de ces cellules, et l’autre sur la physiologie cellulaire du système nerveux.
Environnent liquidien : composition et régulation
CM (10,5h)

• ions et protéines contrôlant ou modulant la répartition des liquides dans l’organisme
• mécanismes permettant la répartition des liquides dans l’organisme (forces de Starling)
• éléments figurés du sang (cellules sanguines) et leurs rôles
• étapes et acteurs principaux de la coagulation sanguine et de l’hémostase (éléments vasculaires, cellulaires, ioniques et protéiques)
• anatomie du néphron, élément fonctionnel du rein, et élaboration de l’urine
• fonctionnement rénal : ses adaptations et régulations hormonales et nerveuses
• fonctionnement rénal : homéostasie de l’osmolarité des liquides dans l’organisme et régulation du pH
• système immunitaire : types cellulaires et protéiques
• système immunitaire : mécanismes généraux de l’immunité et de l’inflammation
  TP
• Dosage du sodium et potassium et détermination du volume sanguin chez le rat
• Physiologie rénale
• L’osmose et la régulation du volume cellulaire
  TD
• Filtration glomérulaire
• L’inflammation
  Physiologie cellulaire du système nerveux
  CM (10,5)
• éléments du tissu nerveux : neurones – cellules gliales – vaisseaux sanguins (ou glie limitante externe) et leurs relations fonctionnelles et dynamiques (recapture des neuromédiateurs, régénération axonale)
• couplage métabolique neurone – glie
• homéostasie potassique du parenchyme nerveux
• transport des ions à travers la membrane plasmique d’une cellule animale
• canaux ioniques et forces contrôlant le potentiel de membrane et soutenant le potentiel d’action
  TP
• Batterie de diffusion et la relation Nernst
• Potentiel de membrane
• Potentiel d’action composé
  TD
• Potentiel de membrane
• La synapse

OAV1. Savoir décrire les coopérations fonctionnelles entre neurones et cellules gliales.
OAV2. Connaître les mécanismes de régulation du potentiel de membrane ainsi que les bases de l’excitabilité cellulaire (potentiel électrotonique, potentiel d’action) et de sa transmission (potentiel synaptique).
OAV3. Énumérer les constituants plasmatiques contrôlant la répartition des liquides dans l’organisme, ainsi que les mécanismes et facteurs qui régulent les échanges entre les compartiments intra- et extra-cellulaires en s'appuyant entre autre, sur le cas des cellules sanguines et leurs rôles physiologiques principaux.
OAV4. Décrire l’anatomie fonctionnelle du rein et comprendre son rôle dans la régulation fine des équilibres liquidiens, du pH et de l’osmolarité du plasma et des liquides interstitiels.
OAV5. Connaître l'anatomie et les fonctions principales du système lymphatique.
OAV6 (transversal). Collecter, analyser, interpréter et maîtriser la présentation des données scientifiques.

Les cours magistraux sont divisés en deux parties selon les deux thèmes. Les TP et TD illustrent et permettre un approfondissement de certaines notions abordés en cours et sont donc complémentaires des enseignements théoriques. Les TP sont effectués en binome / trinome et feront objet d'un compte-rendu qui sera noté. La participation active aux TD sera également évaluée par une notation qui figura dans la note du contrôle continu.

Neurosciences : à la découverte du cerveau de Bear, Conners, Paradiso, Nieoullon. Edition Pradel.
Physiologie du neurone de Chesnoy-Marchais, Tritsch, Feltz. Edition Doin
Physiologie humaine : Une approche intégrée de Silverthorn et Brun. Edition Pearson
Précis de physiologie humaine, tome I. Jack Baillet & Erik Nortier. Edition Ellipses

Connaissances de base de la structure et de l'anatomie des végétaux (niveau L1) et des fondamentaux de la chimie (niveau bac). Notions de base de la biologie cellulaire et moléculaire.

La physiologie est l'étude du fonctionnement des organismes vivants. Les bases fondamentales du fonctionnement des plantes telles que la nutrition carbonée, la nutrition azotée, l'équilibre hydrique ainsi que la physiologie des hormones seront étudiées en relation avec l'environnement. Une partie portera sur les mécanismes de la photosynthèse depuis la capture de la lumière jusqu’à la transformation de cette énergie en carbone réduit, ainsi que sur la voie de l’assimilation de l’azote et la gestion de l’eau par les plantes. Dans une seconde partie, il s’agira de comprendre comment la plante perçoit et s’adapte à son environnement et d’aborder le rôle des hormones dans ces processus. Une dernière partie abordera les interactions entre les plantes et les micro-organismes pouvant être bénéfiques ou néfastes.

OAV1. Réaliser des expériences en condition de laboratoire.
OAV2. Analyser et interpréter des résultats scientifiques.
OAV3. Décrire les processus nécessaires pour l'autotrophie des plantes.
OAV4. Décrire et connaître les régulateurs majeurs de la physiologie de l'adaptation à l'environnement.
OAV5. Comprendre l'importance des interactions des plantes avec les micro-organismes, notamment les microbes bénéfiques ou pathogèniques.

Le module se compose de cours accompagnés de nombreux TDs et TPs qui apportent des informations complémentaires. Cette UE est majoritairement composée de TPs (55%) permettant d'illustrer concrètement les concepts abordés.

BIOLOGIE VÉGÉTALE. Croissance et Développement. JF Morot- Gaudry. Editions Dunod. 3ème édition 2017
BIOLOGIE VÉGÉTALE. Nutrition et métabolisme. JF Morot- Gaudry. Editions Dunod. 3ème édition 2017
BIOLOGIE VÉGÉTALE. JC Laberche. Editions Dunod. 3ème édition 2020
PHYSIOLOGIE VÉGÉTALE. M. Coupé, B. Touraine. Editions Dunod. 2016
PHYSIOLOGIE VÉGÉTALE. Nutrition. R. Heller. Editions Dunod. 6ème édition 2020

L’objectif général du cours est de donner une base bien établie en Biochimie des protéines et Métabolisme énergétique.

Pour la première partie, le but sera d’acquérir des connaissances précises sur ce que sont les protéines et leur importance en biologie. Le cours décrit, de façon précise, les différents niveaux de leur organisation structurale avec l’idée d’unifier l’extraordinaire diversité des organisations macromoléculaires rencontrée en biologie par la combinaison de quelques principes sous-jacents.
Dans la seconde partie de cet enseignement, le but sera de comprendre les principes qui régissent les conversions d’énergie dans la cellule. En particulier, le cours se focalisera sur les mécanismes permettant à des organismes hétérotrophes d’oxyder les nutriments pour assurer la synthèse d’ATP.
Les travaux dirigés sont conçus pour apprendre aux étudiants à savoir regarder et se repérer dans une structure de protéine, y compris en utilisant des outils de bioinformatique structurale, et également à manipuler les concepts acquis sur les propriétés physico-chimique des protéines grâce à des exercices concrets. Ils leur permettront également de manipuler les concepts acquis sur les conversions d’énergie grâce à des exercices concrets.

L'esprit de cette unité d'enseignement est de se focaliser sur un éventail restreint de questions, choisies parce qu'elles sont une base utile à l'ensemble de la Biologie, mais de les couvrir avec une certaine exigence.

OAV1. Décrire la structure des protéines à différents niveaux (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) en s’appuyant sur les propriétés de la liaison peptidique et des chaînes latérales des acides aminés.
OAV2. Décrire les principes des méthodes utilisées pour comparer les séquences et les structures des protéines. Expliciter les conséquences des liens évolutifs.
OAV3. Décrire la succession des étapes nécessaire à l'obtention d'une protéine recombinante.
OAV4. Décrire les méthodes usuelles de purification préparative des protéines.
OAV5. Connaitre les principales méthodes d'analyse des protéines (SDS PAGE, western blot, séquençage). Interpréter les résultats d'expériences simples.
OAV6. Formuler et discuter les principes de bases de la Bioénergétique cellulaire.
OAV7. Reconnaitre, décrire et représenter les sucres simples et les principaux polysaccharides de réserve et de structure.
OAV8. Nommer, définir et exposer les voies métaboliques impliquées dans la synthèse de ATP cellulaire à partir de l’oxydation des sucres et des lipides simples.
OAV9. Décrire, représenter, expliquer et exposer l'ensemble des éléments impliqués dans le processus de phosphorylation oxydative.

Deux cours par semaine de 1h30 en Amphi : 1 sur les protéines et l'autre sur le métabolisme énergétique.
11 TD de 2h permettront d'approfondir les notions vues en cours et parfois d'aller plus loin dans certains domaines.

Un partiel est organisé en milieu de semestre (QCM) et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noel.

"Principes de Biochimie" de Lehninger

• "Biochimie" de Stryer, Berg et Tymoczko

L1 biologie
UE de mathématiques de L1 (Calculus )

Lois usuelles et principe des tests statistiques
Tests statistiques suivants :

Test de conformité gaussien Test binomial Test de Student Test du Chi2 : conformité et homogénéité/indépendance

OAV1. Identifier une variable aléatoire dans un problème de biologie et proposer une modélisation en identifiant notamment la nature de la variable.
OAV2. Formuler les étapes des tests statistiques.
OAV3. Réaliser un test du chi-deux portant sur une/plusieurs variables aléatoires qualitatives.
OAV4. Réaliser un test de conformité portant sur une variable aléatoire quantitative gaussienne.
OAV5. Choisir le test statistique approprié à l’analyse des données parmi les tests vus en cours (test du chi-deux de conformité et d’indépendance, tests de conformité sur la moyenne (Student ou approximation gaussienne).

Tous les cours magistraux (4*2h CM) ont lieu sur un rythme soutenu en début de semestre (fin de semaine 36 et semaine 37). Les semaines suivantes ont lieu 4 séances de TD pour un total de 14 heures. Un de ces TDs est dirigé par un biologiste afin d'appliquer les tests sur des exemples rencontrés en biologie. Ensuite, tout au long du semestre, des devoirs wims de mathématiques et de biomathématiques ainsi qu'un DM personnalisé sont donnés aux étudiants. Ces travaux comptent pour évaluation dans le cadre du contrôle continu. Ainsi, les étudiants intègrent progressivement par du travail personnel les notions statistiques vues en cours et développées en TDs. En semaine 47 a alors lieu un TD de 3 heures, entièrement dirigé par les biologistes, conçu comme un TD "projet", au cours duquel les étudiants répartis en petits groupes traitent chacun une partie d'une problématique biologique (par exemple : interactions fourmis, chenilles, lierre sur un figuier). Puis l'examen écrit de décembre avec 2 sujets (1 sujet de mathématiques et 1 sujet de biomathématiques) conclut le semestre.

Pré-requis : Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1 (réplication, transcription, traduction, mitose et méiose). Bases de la démarche scientifique et techniques expérimentales vues en L1.

Le contenu réparti dans deux UEs sur les 2 semestres GBM1 (L2S3) et GBM2 (L2S4) vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur les mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, à la fois chez les procaryotes et les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux concepts qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer les différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure :
OAV 1 : d’intégrer le mécanisme de réplication de l’ADN chez les procaryotes. Il/elle saura restituer l’enchainement des étapes à l’échelle de la cellule en associant réplication et division cellulaire.  
OAV 2 : de définir les grandes classes de lésions de l'ADN, et de décrire les principaux mécanismes de réparation de ces lésions, de distinguer lésion et mutation, de définir le polymorphisme présent au sein d’une population.  
OAV 3 : d’intégrer les notions de base de la génétique mendélienne: l'étudiant-e devra être capable de décrire les étapes de mitose et de meïose, de prédire le devenir d'un et de deux couples d'allèles à travers la reproduction sexuée; D'illustrer l'effet des stress génotoxiques sur la variabilité génétique.  
OAV 4 : de calculer le titre d’une culture bactérienne, de déterminer un pourcentage de survie et une fréquence de mutation, de réaliser et d’analyser des tests génétiques (dominance/récessivité) chez la levure.  
OAV 5 : d’identifier le ou les gènes impliqué(s) dans un processus biologique par le test de complémentation fonctionnelle.  
OAV 6 : de décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe et limites), d’appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.   
OAV 7 : de mettre en œuvre un protocole expérimental incluant des approches génétiques, de biologie moléculaire et de microbiologie en respectant les règles de sécurité en laboratoire.

Cette UE est organisée comme suit : 8 cours de 2H (un par semaine), 10 TD de 2H (un par semaine) et également 2 séries de TP. Un partiel est organisé en milieu de semestre et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noël. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des TD avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques, un glossaire, et des exercices et problèmes corrigés sur certaines parties de cours pour aider les étudiants à la compréhension des notions enseignées. Enfin le dernier TD est une annale d'un examen posé une des années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final du mois de décembre.

Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Génétique, gènes et génomes Rossignol, J.L. et al.
Génétique. Serre J.L.

Définir les notions de base de la génétique mendélienne : gène, allèle, locus, polymorphisme, transmission d’un couple d’allèles chez des organismes haploïdes et diploïdes.
Définir les notions d’espèce et de population. Définir la notion d’évolution et les pressions évolutives : sélection naturelle, dérive génétique et mutations.

Cours (9h= 6*1.5h)
Partie Écologie : 3 séances de 1h30

Introduction à l’écologie Écosystème et communautés Impacts des changements globaux anthropiques sur les écosystèmes

Partie Génétique des populations : 3 séances de 1h30

Introduction à la génétique des populations Calcul des fréquences, panmixie et modèle de Hardy-Weinberg Évolution des populations : pressions évolutives et régime de reproduction  

TD (10h)
Partie Génétique des populations : 4 heures

Calcul des fréquences alléliques dans une population en équilibre dans le modèle d’Hardy-Weinberg et relation avec le régime de reproduction Calcul des fréquences alléliques et relation avec les forces évolutives

Partie Écologie : 3 heures

Interactions entre espèces et conséquence des perturbations d’une espèce sur la communauté d’espèces Fonctionnement des écosystèmes et conséquences des perturbations anthropiques

Partie Génétique des populations et Écologie : 3 heures

Fragmentation de l’habitat et conséquences sur la structure génétique des populations Introduction d’espèces envahissantes, conséquences sur la variabilité génétique au moment de la fondation des populations et sélection naturelle dans le nouvel environnement

TP (6h= 2h + 4h)

Génétique des populations, séance de 2h : simulation sur ordinateur de l’effet des forces évolutives (dérive et sélection) Écologie, séance de 4h : découverte d’écosystèmes sur le campus d’Orsay, description des principaux constituants et de leurs interactions-structuration dans l’espace

OAV1. Énumérer et définir les régimes de reproduction et les pressions évolutives.
OAV2. Préciser les effets des régimes de reproduction et des pressions évolutives sur la structure génétique des populations.
OAV3. Définir l’écologie en tant que discipline scientifique et son domaine d’étude.
OAV4. Discuter la dynamique temporelle des écosystèmes.
OAV5. Appliquer la démarche scientifique aux questions de génétique des populations et d’écologie.

Le chapitre Écologie est abordé avant le chapitre génétique des populations.
Pour les deux chapitres, des exercices en ligne sur la plateforme WIMS sont disponibles pour les étudiants. L’acquisition des notions sera évaluée par un examen en ligne sur un tirage aléatoire des exercices mentionnés ci-dessus. La note sera intégrée au contrôle continu.
Les deux chapitres sont aussi évalués en contrôle continu par des comptes rendus de Travaux Pratiques. Ces derniers sont corrigés par l’enseignant et rendus à la séance suivante.
Une épreuve finale sur les deux chapitres aura lieu à la fin du semestre.

Génétique Moléculaire et Evolutive, M Harry, Ed. Maloine
Génétique des populations, J-L Serre, Ed. Dunod
Mini Manuel d'écologie, C Tirard, R Barbault, L Abbadie, N Loeuille, Ed. Dunod
Ecologie, R Ricklefs, G Miller, Ed. De Boeck

Pas de pré-requis particuliers si ce n'est des connaissances en biologie de niveau L1.

Cette UE permettra aux étudiants d'apprendre à concevoir des scripts pour réaliser l'analyse de données biologiques et concevoir des modèles in silico.

L'enseignement est majoritairement constitué de séances de TP et TD en salle informatique. Au cours des séances, les étudiants apprendront à coder des scripts simples en utilisant le langage Python.

OAV1. Concevoir un algorithme pour répondre à un problème biologique. OAV2. Décrire les étapes d'un programme informatique à l'aide de boucles et tests. OAV3. Définir une structure informatique de données adaptée à un problème posé. OAV4. Implémenter un programme informatique avec le langage Python. OAV5. Executer et tester son programme.

Après 2 séances introductives en amphi, les étudiants seront répartis en groupe de TD/TP d'une vingtaine d'étudiants. Les séances de TD/TP seront réalisées dans les salles informatiques.

Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1: transcription et traduction. Bases de la démarche scientifique, techniques expérimentales vues en L1 et L2 S3.

L’UE GBM2 vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur certains mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, majoritairement chez les procaryotes , parfois chez les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux mécanismes qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de :
OAV1 : Savoir prédire le devenir d’un allèle lors de la parasexualité bactérienne : transformation, conjugaison.
OAV2 : Comprendre les principes de la PCR, concevoir des amorces de PCR et les contraintes liées au design d’amorces.
OAV3 : Comprendre les étapes clés d’un clonage moléculaire (digestion, ligature, transformation), choisir les enzymes de restriction et vecteurs appropriés selon le but expérimental, et interpréter les résultats d’un clonage (gel d’agarose, séquence, orientation de l’insert).
OAV4 : Décrire et distinguer les différentes étapes de la transcription (initiation, élongation et terminaison) chez les procaryotes et les eucaryotes.
OAV5 : Expliquer les principes généraux de la régulation transcriptionnelle chez les bactéries (répresseur, activateur, opéron) et décrire les modèles de régulation positive et négative.
OAV6 : Comprendre la complexité de la régulation transcriptionnelle chez les eucaryotes, identifier les rôles des séquences régulatrices et décrire les différents mécanismes de régulation transcriptionnelle et/ou post-transcriptionnelle en incluant ceux impliqués dans l’initiation de la transcription, la stabilité des ARNm et l’épissage.
OAV7 : Décrire les mécanismes impliqués dans les différentes étapes de la traduction (initiation, élongation et terminaison) chez les eucaryotes et chez les procaryotes. 
OAV8 : Décrire la structure des gènes et des génomes chez les eucaryotes et chez les procaryotes. 

OAV9 : Identifier le rôle des ARNt et des ribosomes et comprendre la notion de code génétique.

OAV10 : Décrire les effets des mutations lorsqu’elles sont positionnées sur le promoteur des gènes ou ses séquences de régulation localisées en cis, dans la séquence codante, à la jonction intron-exon et dans les régions intergéniques. 

OAV11 : Décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe, limites et contrôles) et appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.

Cette UE comprend 9 cours magistraux de 2H dispensés au rythme d’un par semaine.  11 TD de 2H chacun viennent illustrer les CM et leur sont complémentaires puisqu’ils permettent un approfondissement de certaines notions abordés en cours. Le dernier TD se présente sous forme d’une annale d'un examen posé les années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final. De plus, 5h de TP permettent de mettre en pratique le concept de PCR à travers la caractérisation de mutants. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des exercices avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques. L’acquisition des notions sera évaluée d’une part en contrôle continu à travers un examen sur table en milieu de semestre et un compte-rendu de TP effectué en binôme / trinôme, et d’autre part par un examen écrit final.

- Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.          - - - Raven, Johnson, Mason, Losos, Singer - Sciences du vivant
Adaptation française sous la direction de Jean-Claude Planel- Éditions De Boeck Supérieur, 6ᵉ édition (2020)
ISBN : 978-2-8073-2949-5

Contenu de l'UE de statistiques pour la biologie dispensée au L2S3 ou équivalent.

Le fonctionnement d’un écosystème est le résultat de phénomènes aléatoires que l'on peut étudier à partir de données recueillies sur le terrain. Pour aborder cette problématique, l’enseignement mèle un cours d’écologie fondamentale et des enseignements fondamentaux et appliqués en bio-statistiques.
Le cours d’écologie fondamentale porte sur la compréhension des processus responsables de la diminution de la biodiversité. Cinq volets seront particulièrement étudiés : les invasions biologiques, les changements climatiques, la destruction et la fragmentation des habitats, la surexploitation des espèces et les pollutions anthropiques.
Le cours de biostatistiques introduit des méthodes statistiques de base dont le principe et la mise en place pratique seront introduits lors des séances de TP. Le cours de statistiques fait suite au cours de statistiques du L2S3. Les méthodes statistiques abordées sont les tests gaussiens d’homogeneité des moyennes et des variances, le théorème de la limite centrale, les intervalles de confiance.
En TP, les étudiants apprendront à traiter des problèmes d'écologie à partir de jeux de données réels extraits d’études relatives aux thèmes abordés en cours. Le contexte et le plan d’expérience de l’étude seront introduits et discutés. Les étudiants seront amenés à répondre à des questions en écologie en mettant en oeuvre des tests statistiques (modélisation statistique et mise en oeuvre dans le logiciel R).

OAV1. Énoncer et définir les causes principales de perte de biodiversité et les expliquer sur la base d’exemples du cours.
OAV2. Décrire, analyser et interpréter un document ou un graphique basé sur des données scientifiques du domaine de l’écologie.
OAV3. Choisir le test statistique approprié à l’analyse des données parmi les tests vus en cours.
OAV4. Formuler les étapes des tests statistiques.
OAV5. Mettre en œuvre un test avec R en adaptant et réutilisant les scripts vus en cours/TP/TD.
OAV6. Interpréter du point de vue statistique et écologique les résultats des tests réalisés avec R.

L’équipe pédagogique est constituée de biologistes et de mathématicien-statisticiens. L’UE est constituée de 6 CM d’écologie de 1 heures 30, de 2 CM de statistiques de 2h et de TP de statistiques appliquées à l’écologie. Les TPs sont encadrés par un binôme d’enseignants mathématicien et biologiste. Le contrôle des connaissances se fera par des contrôles continus (DST, WIMS) et par un examen.

Programme de L1 : 
- Composition, fonction et interactions des différents compartiments cellulaires
- Cytosquelette et mitose
- Développement embryonnaire précoce du Xénope
- Organisation d’une plante à fleurs et développement primaire
Programme de L2S3 (UE GBM1 et Biochimie) :
- Expression de l’information génétique 
- Structure des protéines à différents niveaux
- Techniques expérimentales de biologie moléculaire

Cette UE pluridisciplinaire vise à fournir les notions indispensables pour comprendre :
 (i) la façon dont les comportements cellulaires (division, différenciation, croissance/élongation, migration) façonnent l’organisme en développement au cours du temps et dans les 3 dimensions de l’espace ;
 (ii) les spécificités du développement végétal (stratégie d'adaptation à l'environnement et à ses contraintes) ;
 (iii) l’importance de la communication et des interactions entre cellules/tissus pour le développement harmonieux de l'organisme.
 
Programme : Les cours magistraux (20h) permettront dans un premier temps d’introduire les principes de la signalisation cellulaire et d’étudier à l’échelle moléculaire les processus de division et de migration cellulaires. Ces apprentissages seront ensuite exploités dans le contexte de l’organisme animal ou végétal en développement dans le but d’illustrer comment prolifération, spécialisation cellulaire, changements de forme, croissance, processus migratoires (chez les animaux) et communications intercellulaires contribuent à façonner le futur individu. Une ouverture sera faite sur les pathologies associées à ces processus et la biologie des cellules souches.
Les travaux dirigés (15h) seront consacrés à observer, se questionner et mettre en œuvre les bases de la démarche scientifique. Un accent particulier sera mis sur la méthodologie de l’analyse de documents, la schématisation et la modélisation de résultats.
Les travaux pratiques (10h) permettront une initiation à la technique d’immunofluorescence et à la manipulation des fonctions de base d’un logiciel d’imagerie (ImageJ).

OAV1. Décrire l’organisation des cellules eucaryotes et leur environnement cellulaire
Il s’agit ici que l’étudiant (i) approfondisse les notions vues en L1 sur les organites intracellulaires et le cytosquelette et (ii) sache décrire et illustrer la structure de la matrice extracellulaire, les interactions cellules/matrice et les caractéristiques de la paroi des végétaux.
OAV2. Schématiser les différents modes de communication intercellulaire et leur impact sur l’activité biochimique, sur l’expression génique et sur l’organisation de la cellule cible (cytosquelette en particulier).
Il s’agit ici que l’étudiant soit capable de décrire les bases de la communication cellulaire (signal, récepteur membranaire, cascade intracellulaire, réponse biochimiques ou modification d’une combinatoire de facteurs de transcription spécifiques). Ces bases sont préalables à l’étude des comportements cellulaires in vivo (OAV6). Il n’est pas demandé de retenir la structure de voies de signalisation classiques ni de connaître les grandes familles de facteurs de transcription spécifiques.
OAV3. Décrire et schématiser les comportements cellulaires fondamentaux
Il s’agit ici que l’étudiant soit capable de décrire les comportements cellulaires universels qui sous-tendent le développement des organismes pluricellulaires : la division cellulaire (et l’influence de ses modalités sur le devenir des cellules), les étapes d’une voie de différenciation, l’expansion d’une cellule végétale, la transition épithélio-mésenchymateuse et la migration d’une cellule animale. D’un point de vue mécanistique, un focus est fait sur le rôle du cytosquelette au cours de la mitose animale et végétale et sur la régulation du cycle cellulaire (limité à la régulation de l’entrée en phase S). On introduit aussi la notion de programme génétique de différenciation.
OAV4. Décrire la formation/organisation et le devenir d’un nombre limité de structures embryonnaires ou post-embryonnaires
On souhaite ici que l’étudiant acquiert le vocabulaire de base préalable à la description de phénotypes in vivo et qu’il se familiarise avec les systèmes développementaux dans lesquels les processus cellulaires du développement seront étudiés. Il s’agit d’être capable de décrire un nombre limité de structures embryonnaires/post-embryonnaires (l’embryon d’angiosperme et le fonctionnement des méristèmes apicaux pour le développement végétal ; le développement précoce, les crêtes neurales et les somites pour le développement animal qui sera limité à des modèles vertébrés). L’étudiant doit aussi être capable de situer ces structures dans l’espace et le temps et de citer leur devenir.
OAV5 (transversal). Savoir décrire et/ou mettre en œuvre différentes techniques d’analyse couramment utilisées en Biologie cellulaire et Développement
L’enjeu ici est que l’étudiant soit capable de décrire, sans rentrer dans les détails moléculaires, le principe des techniques/outils d’analyse couramment utilisés en Biologie cellulaire et Développement. D’un point de vue pratique, l’étudiant apprendra à réaliser une immunofluorescence, manipuler les fonctions de base d’un logiciel de traitement d’image (IMAGEJ) et réaliser un montage.
OAV6 (transversal). Analyser des expériences in vitro ou in vivo et modéliser une procédure ou un résultat
Le but ici est que l’étudiant soit capable, sur la base des connaissances théoriques et techniques acquises (OAV 1 à 5), d’interpréter un panel d’expériences (au niveau cellulaire ou au niveau de l’organisme) ayant trait à un nombre limité de systèmes développementaux. Il lui est demandé de savoir décrire un phénotype, comparer contrôle et situation expérimentale et conclure sur la question biologique traitée. Si une modélisation du résultat est demandée, l’étudiant sera guidé pas à pas dans sa réalisation (par exemple via des schémas à compléter).

L’UE bénéficie d’un cours eCampus très structuré incluant : 
- Une proposition de planning de travail hebdomadaire afin de ne pas se laisser déborder. 
- Des synthèses rédigées reprenant à l’aide de vidéos ou schémas légendés les notions majeures abordés en cours d’amphi.
- Des quizz d’auto-évaluation sur chaque partie du programme.
Des séances de révisions en amphi sont en outre organisées avant les premières épreuves de contrôle continu.

Biologie cellulaire. Y. Bassaglia
Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Biologie du développement : Les grands principes. L.Wolpert et al.
Biologie Végétale Croissance et Développement. J.F. Morot-Gaudry, R. Prat & I. Bohn-Courseau

Connaissances de base de la structure et de l'anatomie des végétaux (niveau L1) et des fondamentaux de la chimie (niveau bac). Notions de base de la biologie cellulaire et moléculaire.

La physiologie est l'étude du fonctionnement des organismes vivants. Les bases fondamentales du fonctionnement des plantes telles que la nutrition carbonée, la nutrition azotée, l'équilibre hydrique ainsi que la physiologie des hormones seront étudiées en relation avec l'environnement. Une partie portera sur les mécanismes de la photosynthèse depuis la capture de la lumière jusqu’à la transformation de cette énergie en carbone réduit, ainsi que sur la voie de l’assimilation de l’azote et la gestion de l’eau par les plantes. Dans une seconde partie, il s’agira de comprendre comment la plante perçoit et s’adapte à son environnement et d’aborder le rôle des hormones dans ces processus. Une dernière partie abordera les interactions entre les plantes et les micro-organismes pouvant être bénéfiques ou néfastes.

OAV1. Réaliser des expériences en condition de laboratoire.
OAV2. Analyser et interpréter des résultats scientifiques.
OAV3. Décrire les processus nécessaires pour l'autotrophie des plantes.
OAV4. Décrire et connaître les régulateurs majeurs de la physiologie de l'adaptation à l'environnement.
OAV5. Comprendre l'importance des interactions des plantes avec les micro-organismes, notamment les microbes bénéfiques ou pathogèniques.

Le module se compose de cours accompagnés de nombreux TDs et TPs qui apportent des informations complémentaires. Cette UE est majoritairement composée de TPs (55%) permettant d'illustrer concrètement les concepts abordés.

BIOLOGIE VÉGÉTALE. Croissance et Développement. JF Morot- Gaudry. Editions Dunod. 3ème édition 2017
BIOLOGIE VÉGÉTALE. Nutrition et métabolisme. JF Morot- Gaudry. Editions Dunod. 3ème édition 2017
BIOLOGIE VÉGÉTALE. JC Laberche. Editions Dunod. 3ème édition 2020
PHYSIOLOGIE VÉGÉTALE. M. Coupé, B. Touraine. Editions Dunod. 2016
PHYSIOLOGIE VÉGÉTALE. Nutrition. R. Heller. Editions Dunod. 6ème édition 2020

Programme de Géosciences de 1ere année de Licence des parcours Biologie-Chimie-Sciences de la Terre ou Physique-Chimie-Sciences de la Terre
Connaître les notions fondamentales associées à l’échelle des temps géologiques (comme elle est élaborée et représentée)
Connaitre la définition d’un fossile et avoir des notions sur les processus de fossilisation.

Ce module présente l’histoire de notre planète au cours des temps géologiques depuis la formation de la Terre, les premiers vestiges de l’activité biologique et les hypothèses sur l’origine de la vie.
Une étude des roches exogènes précambriennes (par exemple: stromatolites, gisements de fer rubané), est présentée afin de comprendre l’évolution initiale de l’atmosphère et de l’hydrosphère. Ce long voyage dans le temps se poursuit avec l’explosion cambrienne et les grandes étapes de la conquête du milieu terrestre et du milieu aérien jusqu’à la fin de l’Ere Cénozoïque.
Enfin, les grandes étapes de la diversification de la vie, les corrélations avec les changements environnementaux, les radiations et extinctions ainsi que les notions de crise biologique sont amplement traitées. Des séances de TP sur fossiles complètent cette formation.

Les Objectifs d’Apprentissage Visés de cette UE sont :

Estimer la mesure du temps en géologie. Il s’agira pour l’étudiant d’intégrer les notions de base sur la mesure du temps au-delà des époques historiques en interprétant des phénomènes géologiques et biologiques enregistrés dans les roches et par les fossiles à travers une double approche basée sur la chronologie absolue à partir de la décroissance radioactive de certains éléments chimiques (méthodes K-Ar, Rb-Sr et du carbone 14) et sur la chronologie relative d'événements à partir d'exemples et d'observations sur des fossiles Maitriser les outils permettant les reconstructions paléogéographiques. L’étudiant pourra reconstruire les positions des continents au cours de l’histoire de la Terre en utilisant les concepts des anomalies magnétiques marines et des enregistrements paléomagnétiques continentaux. Reconnaitre les principaux groupes taxonomiques.  L’étudiant observera et distinguera les grandes familles d’organismes fossiles par l’étude des groupes taxonomiques les plus significatifs. Des compétences de description macroscopique et microscopique (manipulation de microscopes) seront mobilisées. Interpréter les modalités d’évolution des organismes. L’étudiant pourra encadrer l’évolution des taxons le plus significatifs dans un contexte paléogéographique et paléoclimatique et déterminera les liens avec les principales crises de la biosphère.

Amaudric du Chaffuat, S. (2008). La Terre et la Vie, quatre milliards d’années d’histoire, Focus, CRDP Académie de Grenoble Ed.
Gargaud M. et coll. (2003). Les traces du vivant. Presses Universitaires de Bordeaux Ed.
Gargaud M. et coll. (2005). Des atomes aux planètes habitables. Presses Universitaires de Bordeaux Ed.
F. , Evolution de la biosphère et événements géologiques, Gordon & Breach, 199
P. et al. La mesure du temps dans l'histoire de la Terre. Vuiber 2005.

La physiologie est l'étude du fonctionnement des organismes vivants. Cette discipline met en œuvre des méthodes d'études spécifiques et fait appel à une rigueur dans le formalisme des concepts fondamentaux. L'enseignement est centré sur une introduction aux méthodes et aux concepts de la physiologie animale avec comme types cellulaires étudiés les neurones, les cellules gliales, sanguines et rénales. Il s'attache à traiter les interactions fonctionnelles entre ces types cellulaires conduisant à une meilleure compréhension de l’organisme entier. Le module est structuré en deux parties, l’une qui porte sur l'environnement liquidien de ces cellules, et l’autre sur la physiologie cellulaire du système nerveux.
Environnent liquidien : composition et régulation
CM (10,5h)

• ions et protéines contrôlant ou modulant la répartition des liquides dans l’organisme
• mécanismes permettant la répartition des liquides dans l’organisme (forces de Starling)
• éléments figurés du sang (cellules sanguines) et leurs rôles
• étapes et acteurs principaux de la coagulation sanguine et de l’hémostase (éléments vasculaires, cellulaires, ioniques et protéiques)
• anatomie du néphron, élément fonctionnel du rein, et élaboration de l’urine
• fonctionnement rénal : ses adaptations et régulations hormonales et nerveuses
• fonctionnement rénal : homéostasie de l’osmolarité des liquides dans l’organisme et régulation du pH
• système immunitaire : types cellulaires et protéiques
• système immunitaire : mécanismes généraux de l’immunité et de l’inflammation
  TP
• Dosage du sodium et potassium et détermination du volume sanguin chez le rat
• Physiologie rénale
• L’osmose et la régulation du volume cellulaire
  TD
• Filtration glomérulaire
• L’inflammation
  Physiologie cellulaire du système nerveux
  CM (10,5)
• éléments du tissu nerveux : neurones – cellules gliales – vaisseaux sanguins (ou glie limitante externe) et leurs relations fonctionnelles et dynamiques (recapture des neuromédiateurs, régénération axonale)
• couplage métabolique neurone – glie
• homéostasie potassique du parenchyme nerveux
• transport des ions à travers la membrane plasmique d’une cellule animale
• canaux ioniques et forces contrôlant le potentiel de membrane et soutenant le potentiel d’action
  TP
• Batterie de diffusion et la relation Nernst
• Potentiel de membrane
• Potentiel d’action composé
  TD
• Potentiel de membrane
• La synapse

OAV1. Savoir décrire les coopérations fonctionnelles entre neurones et cellules gliales.
OAV2. Connaître les mécanismes de régulation du potentiel de membrane ainsi que les bases de l’excitabilité cellulaire (potentiel électrotonique, potentiel d’action) et de sa transmission (potentiel synaptique).
OAV3. Énumérer les constituants plasmatiques contrôlant la répartition des liquides dans l’organisme, ainsi que les mécanismes et facteurs qui régulent les échanges entre les compartiments intra- et extra-cellulaires en s'appuyant entre autre, sur le cas des cellules sanguines et leurs rôles physiologiques principaux.
OAV4. Décrire l’anatomie fonctionnelle du rein et comprendre son rôle dans la régulation fine des équilibres liquidiens, du pH et de l’osmolarité du plasma et des liquides interstitiels.
OAV5. Connaître l'anatomie et les fonctions principales du système lymphatique.
OAV6 (transversal). Collecter, analyser, interpréter et maîtriser la présentation des données scientifiques.

Les cours magistraux sont divisés en deux parties selon les deux thèmes. Les TP et TD illustrent et permettre un approfondissement de certaines notions abordés en cours et sont donc complémentaires des enseignements théoriques. Les TP sont effectués en binome / trinome et feront objet d'un compte-rendu qui sera noté. La participation active aux TD sera également évaluée par une notation qui figura dans la note du contrôle continu.

Neurosciences : à la découverte du cerveau de Bear, Conners, Paradiso, Nieoullon. Edition Pradel.
Physiologie du neurone de Chesnoy-Marchais, Tritsch, Feltz. Edition Doin
Physiologie humaine : Une approche intégrée de Silverthorn et Brun. Edition Pearson
Précis de physiologie humaine, tome I. Jack Baillet & Erik Nortier. Edition Ellipses

Cette UE libre est ouverte aux étudiants qui souhaitent suivre un enseignement optionnel supplémentaire (sous réserve de compatibilité des emplois du temps et après accord des responsables de formation) et/ou réaliser un stage facultatif conventionné.
NB : Cette UE est non diplômante, c’est à dire que sa validation ne peut pas servir à l’obtention des 60 ECTS nécessaires à la validation de l’année

OAV : Acquérir un complément de formation.

Modalités de contrôle des connaissances et compétences (MC2C) :

Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de suivre une UE optionnelle supplémentaire, la validation de l’UE suivra les MC2C de l’UE en question. Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de réaliser un stage facultatif conventionné, il conviendra avec son enseignant référent des modalités de suivi et d’évaluation. Cette évaluation ne fera pas l’objet d’une note, le résultat sera « acquis » ou « non acquis ».

Avoir suivi une L1 de sciences expérimentales. 
Lettre de motivation.

Cette UE a pour objectif une initiation à la pédagogie et une confrontation à la réalité des métiers de l’enseignement. Elle comporte des cours, des TD d’accompagnement, deux stages en établissement, et un travail d’analyse autour de ces stages.
Les deux stages peuvent se faire dans l’enseignement primaire ou dans l’enseignement secondaire, ou à cheval sur les deux. Ils sont réalisés en binôme, dans des établissements trouvés par les étudiants, en accord avec les responsables de l’UE.
Les cours proposés portent sur : les démarches classiques d’enseignement et quelques démarches innovantes, les différents types d’objectifs d’apprentissage, les outils et supports pour enseigner, les compétences attendues des enseignants, les bases de la psychologie de l’apprentissage. Une partie complémentaire porte sur le décodage de l’institution scolaire, ses acteurs, ses valeurs et ses enjeux, en utilisant l’histoire comme outil de contraste révélateur du présent.
Les contenus des cours sont mis en application tout d’abord par l’analyse des séances observées en établissement. Ces analyses, accompagnées par des TD de suivi, font l’objet d’un travail mené pour partie en en binôme, qui aboutit à la rédaction d’un rapport de stage. Deuxièmement, une réflexion individuelle sur le métier, outillée par les éléments vus en cours et par les observations en établissement, et accompagnée par un enseignant universitaire tuteur, donne lieu à une synthèse écrite et une présentation orale.

C8.1 : Maîtriser des connaissances de base sur les difficultés d’apprentissage (Décrire les concepts de base de la psychologie de l'apprentissage).
C8.2 : Analyser des situations d’apprentissage en référence aux principales conceptions pédagogiques (niv1 : Identifier une démarche d’enseignement).
C8.5 : Être conscient des enjeux et valeurs portés par l'institution et du positionnement des acteurs (niv1 : connaitre les grands axes des compétences attendues des enseignants, connaître les bases de l’histoire du système éducatif).
T1 : Communiquer de façon claire et rigoureuse à l’écrit comme à l’oral en français.
C4.1 : Identifier des engagements réalistes dans le temps imparti et s’y tenir.
C4.3 : Travailler de façon autonome et en équipe de façon responsable.

Cette UE comporte : 1) une séance débat de confrontation des représentations de l’enseignement et des souhaits d’expérience professionnelle, 2) la recherche en binôme, avec une ou deux personnes ayant des objectifs compatibles, de 2 lieux de stage et l’établissement de conventions de stage (en autonomie), 3) des cours de pédagogie et d’histoire des sciences faisant l’objet d’un contrôle continu, 4) l’observation et éventuellement la contribution à des séances d’enseignement en établissement (2x 2 semaines de stage en établissement) en alternance avec des séances d’analyse et prise de recul à l’université, 5) un complément de formation sous forme d’une journée thématique impliquant des enseignants en poste (Journée Lycée-Université ou similaire), 6) la rédaction d’un rapport factuel en binôme et d’une synthèse réflexive individuelle soutenue par des séances de TP à l'université, 7) la soutenance orale de la synthèse réflexive, 8) une séance bilan sur le projet professionnel et les acquis des étudiants.

BUCHETON Dominique. « Des gestes professionnels plus ajustés » (23 Novembre 2015 et 2023). Vidéos. https://www.youtube.com/watch?v=CUwV05dFAHg et https://www.youtube.com/watch?v=pBWwNqX8GBU&t=14s 
MINISTERE DE L’EDUCATION NATIONALE. « Enseignement et formation » Site web. https://eduscol.education.fr/74/enseignement-et-formation
MINISTERE DE L’EDUCATION NATIONALE. « Référentiel des compétences des métiers du professorat et de l’éducation » (mis à jour Février 2020). https://www.education.gouv.fr/le-referentiel-de-competences-des-metiers-du-professorat-et-de-l-education-5753

Pour aller plus loin : 
DESSUS Philippe. Ressources de cours en sciences de l’éducation. Site web. https://inspe-sciedu.gricad-pages.univ-grenoble-alpes.fr/gene/.
DURU-BELLAT Marie. « Bistrot pédagogique sur les inégalités sociales à l’école » (25 novembre 2017). Vidéo. https://www.youtube.com/watch?v=JmVrvLg070o
CONSEIL SCIENTIFIQUE de l'éducation nationale (sous la direction de Stanislas DEHAENE) La science au service de l'école (2019). Essai. Edition : Odile Jacob.
MONKA Yvan. « Découvre mon métier : prof » (11 novembre 2018). Vidéo. https://www.youtube.com/watch?v=hoo1iT11Z4g 
STAR. « Enseignement explicite d’une stratégie de lecture » (5 aout 2015). Vidéo. https://www.youtube.com/watch?v=MWLimgMo3-s 
PENNAC Daniel. Chagrin d'école (2007). Roman. Edition : Gallimard.
PISA. « Compare your contry » (2018). https://www2.compareyourcountry.org/pisa

Attendus de l'UE Langue-Anglais2 : Niveau B1 minimum dans les 5 compétences linguistiques

ANGLAIS GÉNÉRAL. Cette UE s'inscrit dans la continuité de l'UE Langue-Anglais1 : on prolongera notamment le
travail sur la prononciation ainsi que l'approche actionnelle dans les 5 compétences (compréhension
orale et écrite, expression écrite, expression orale en continu et en interaction) à partir de thèmes choisis tels que Science et Technologie, Médias et Réseaux sociaux.
L'interaction se fait à travers des documents écrits et/ou audiovisuels centrés sur une problématique et un scénario de
communication et/ou dans la cadre d'un projet tout au long du semestre. La communication interculturelle pourra être abordée dans le cadre du cours.

Le travail se fera par groupes de niveau.

L'UE est divisée en deux parties. La première est une introduction à l'histoire des sciences de la vie en Occident de l'antiquité au XXe siècle. Elle traite tout d'abord de la manière dont la forme et le mouvement de la Terre ont été appréhendés au fil des siècles. Puis elle aborde la façon dont les modes de production des connaissances en histoire naturelle et en sciences de la vie se sont modifiés avec les transformations des sociétés occidentales depuis le XVIIIe siècle, afin de mieux appréhender la genèse des concepts et théories mobilisés aujourd'hui en sciences naturelles, sciences de la terre, médecine et physiologie.
La seconde partie de l'UE fait travailler les étudiants sur les processus de construction et de validation des savoirs scientifiques : comment les preuves scientifiques sont-elles produites? Par qui ? Qui les valide? Comment les arguments sont-ils jugés convaincants au sein de la communauté scientifique qui les produit ou dans un contexte social plus large  ? Comment et par qui les méthodes scientifiques peuvent-elles être réappropriées pour produire du doute et remettre en question des consensus scientifiques établis?

Développer une bonne connaissance de base en histoire des sciences de la vie et de la terre et de la médecine ; Savoir susciter la réflexion sur des questions scientifiques à forts enjeux sociétaux et développer son sens critique;   Apprendre à lire des textes en relevant la structuration de l’argumentation; Travailler sur des notions et les comprendre; Savoir travailler son vocabulaire et l’enrichir à partir de textes; Travailler de manière collective et individuelle.

L'UE de 25h ETD comporte deux parties :

•  Un enseignement magistral permettant d'aborder des notions de base en histoire des sciences, histoire des sciences de la vie et de la terre et histoire de la médecine.  
• Un enseignement de type cours/TD au cours duquel les étudiants travailleront, à travers de recherches collectives et des textes d'historiens des sciences que leur donneront leurs enseignants :
  1° comment la(les) preuve(s) est(sont) présentée(s), reprise(s), contestée(s), retravaillée(s), réécrite(s).
  2° comment la(les) preuve(s) est(sont) reçue(s), comment les arguments sont jugés convaincants ou non, comment les critères de la preuve sont jugés pertinents ou non, comment la(les) preuve(s) est(sont) acceptée(s) ou rejetée(s) par une communauté scientifique, ou dans un contexte social plus large.
  3° l’existence de normes de preuves différentes.

Avoir suivi des UE de Géologie en 1ère année de l’Université

Initiation à la Tectonique à partir de l'étude géométrique des structures nées de la déformation des formations géologiques. Rappels sur les notions de force et de contrainte. Les structures élémentaires (plis, failles) : reconnaissance morphologique, mode de formation, organisation géométrique. L'évolution spatiale et temporelle des zones déformées (sur une base de données chrono-stratigraphiques avec discordance, cachetage, subsidence). Mise en relation étroite avec les cartes géologiques : maîtrise de la lecture des cartes et de l'interprétation contrôlée de l'organisation géométrique des formations géologiques.

Les Objectifs d’Apprentissage Visés de cette UE sont :
OAV1. Acquérir les concepts et le vocabulaire de base dans le domaine de la tectonique.
OAV2. Reconnaitre les objets de la déformation, les décrire, et les interpréter en termes de contraintes.
OAV3. Lire une carte topographique, faire lien avec la géologie grâce à la cartographie, et finalement interpréter la structure en profondeur via la réalisation de coupes géologiques.
OAV4. Représenter un jeu de données tectoniques sous forme de projection stéréographique.

L'UE est composée de plusieurs CM et TP. Les TP seront en rapport direct avec les connaissances acquises lors des CM et sont focalisés sur l'étude de cas naturels en France.

Tectonique - 4e édition - Edition DUNOD - EAN 9782100747023

L’objectif général du cours est de donner une base bien établie en Biochimie des protéines et Métabolisme énergétique.

Pour la première partie, le but sera d’acquérir des connaissances précises sur ce que sont les protéines et leur importance en biologie. Le cours décrit, de façon précise, les différents niveaux de leur organisation structurale avec l’idée d’unifier l’extraordinaire diversité des organisations macromoléculaires rencontrée en biologie par la combinaison de quelques principes sous-jacents.
Dans la seconde partie de cet enseignement, le but sera de comprendre les principes qui régissent les conversions d’énergie dans la cellule. En particulier, le cours se focalisera sur les mécanismes permettant à des organismes hétérotrophes d’oxyder les nutriments pour assurer la synthèse d’ATP.
Les travaux dirigés sont conçus pour apprendre aux étudiants à savoir regarder et se repérer dans une structure de protéine, y compris en utilisant des outils de bioinformatique structurale, et également à manipuler les concepts acquis sur les propriétés physico-chimique des protéines grâce à des exercices concrets. Ils leur permettront également de manipuler les concepts acquis sur les conversions d’énergie grâce à des exercices concrets.

L'esprit de cette unité d'enseignement est de se focaliser sur un éventail restreint de questions, choisies parce qu'elles sont une base utile à l'ensemble de la Biologie, mais de les couvrir avec une certaine exigence.

OAV1. Décrire la structure des protéines à différents niveaux (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) en s’appuyant sur les propriétés de la liaison peptidique et des chaînes latérales des acides aminés.
OAV2. Décrire les principes des méthodes utilisées pour comparer les séquences et les structures des protéines. Expliciter les conséquences des liens évolutifs.
OAV3. Décrire la succession des étapes nécessaire à l'obtention d'une protéine recombinante.
OAV4. Décrire les méthodes usuelles de purification préparative des protéines.
OAV5. Connaitre les principales méthodes d'analyse des protéines (SDS PAGE, western blot, séquençage). Interpréter les résultats d'expériences simples.
OAV6. Formuler et discuter les principes de bases de la Bioénergétique cellulaire.
OAV7. Reconnaitre, décrire et représenter les sucres simples et les principaux polysaccharides de réserve et de structure.
OAV8. Nommer, définir et exposer les voies métaboliques impliquées dans la synthèse de ATP cellulaire à partir de l’oxydation des sucres et des lipides simples.
OAV9. Décrire, représenter, expliquer et exposer l'ensemble des éléments impliqués dans le processus de phosphorylation oxydative.

Deux cours par semaine de 1h30 en Amphi : 1 sur les protéines et l'autre sur le métabolisme énergétique.
11 TD de 2h permettront d'approfondir les notions vues en cours et parfois d'aller plus loin dans certains domaines.

Un partiel est organisé en milieu de semestre (QCM) et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noel.

"Principes de Biochimie" de Lehninger

• "Biochimie" de Stryer, Berg et Tymoczko

L1 biologie
UE de mathématiques de L1 (Calculus )

Lois usuelles et principe des tests statistiques
Tests statistiques suivants :

Test de conformité gaussien Test binomial Test de Student Test du Chi2 : conformité et homogénéité/indépendance

OAV1. Identifier une variable aléatoire dans un problème de biologie et proposer une modélisation en identifiant notamment la nature de la variable.
OAV2. Formuler les étapes des tests statistiques.
OAV3. Réaliser un test du chi-deux portant sur une/plusieurs variables aléatoires qualitatives.
OAV4. Réaliser un test de conformité portant sur une variable aléatoire quantitative gaussienne.
OAV5. Choisir le test statistique approprié à l’analyse des données parmi les tests vus en cours (test du chi-deux de conformité et d’indépendance, tests de conformité sur la moyenne (Student ou approximation gaussienne).

Tous les cours magistraux (4*2h CM) ont lieu sur un rythme soutenu en début de semestre (fin de semaine 36 et semaine 37). Les semaines suivantes ont lieu 4 séances de TD pour un total de 14 heures. Un de ces TDs est dirigé par un biologiste afin d'appliquer les tests sur des exemples rencontrés en biologie. Ensuite, tout au long du semestre, des devoirs wims de mathématiques et de biomathématiques ainsi qu'un DM personnalisé sont donnés aux étudiants. Ces travaux comptent pour évaluation dans le cadre du contrôle continu. Ainsi, les étudiants intègrent progressivement par du travail personnel les notions statistiques vues en cours et développées en TDs. En semaine 47 a alors lieu un TD de 3 heures, entièrement dirigé par les biologistes, conçu comme un TD "projet", au cours duquel les étudiants répartis en petits groupes traitent chacun une partie d'une problématique biologique (par exemple : interactions fourmis, chenilles, lierre sur un figuier). Puis l'examen écrit de décembre avec 2 sujets (1 sujet de mathématiques et 1 sujet de biomathématiques) conclut le semestre.

Pré-requis : Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1 (réplication, transcription, traduction, mitose et méiose). Bases de la démarche scientifique et techniques expérimentales vues en L1.

Le contenu réparti dans deux UEs sur les 2 semestres GBM1 (L2S3) et GBM2 (L2S4) vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur les mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, à la fois chez les procaryotes et les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux concepts qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer les différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure :
OAV 1 : d’intégrer le mécanisme de réplication de l’ADN chez les procaryotes. Il/elle saura restituer l’enchainement des étapes à l’échelle de la cellule en associant réplication et division cellulaire.  
OAV 2 : de définir les grandes classes de lésions de l'ADN, et de décrire les principaux mécanismes de réparation de ces lésions, de distinguer lésion et mutation, de définir le polymorphisme présent au sein d’une population.  
OAV 3 : d’intégrer les notions de base de la génétique mendélienne: l'étudiant-e devra être capable de décrire les étapes de mitose et de meïose, de prédire le devenir d'un et de deux couples d'allèles à travers la reproduction sexuée; D'illustrer l'effet des stress génotoxiques sur la variabilité génétique.  
OAV 4 : de calculer le titre d’une culture bactérienne, de déterminer un pourcentage de survie et une fréquence de mutation, de réaliser et d’analyser des tests génétiques (dominance/récessivité) chez la levure.  
OAV 5 : d’identifier le ou les gènes impliqué(s) dans un processus biologique par le test de complémentation fonctionnelle.  
OAV 6 : de décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe et limites), d’appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.   
OAV 7 : de mettre en œuvre un protocole expérimental incluant des approches génétiques, de biologie moléculaire et de microbiologie en respectant les règles de sécurité en laboratoire.

Cette UE est organisée comme suit : 8 cours de 2H (un par semaine), 10 TD de 2H (un par semaine) et également 2 séries de TP. Un partiel est organisé en milieu de semestre et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noël. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des TD avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques, un glossaire, et des exercices et problèmes corrigés sur certaines parties de cours pour aider les étudiants à la compréhension des notions enseignées. Enfin le dernier TD est une annale d'un examen posé une des années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final du mois de décembre.

Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Génétique, gènes et génomes Rossignol, J.L. et al.
Génétique. Serre J.L.

Définir les notions de base de la génétique mendélienne : gène, allèle, locus, polymorphisme, transmission d’un couple d’allèles chez des organismes haploïdes et diploïdes.
Définir les notions d’espèce et de population. Définir la notion d’évolution et les pressions évolutives : sélection naturelle, dérive génétique et mutations.

Cours (9h= 6*1.5h)
Partie Écologie : 3 séances de 1h30

Introduction à l’écologie Écosystème et communautés Impacts des changements globaux anthropiques sur les écosystèmes

Partie Génétique des populations : 3 séances de 1h30

Introduction à la génétique des populations Calcul des fréquences, panmixie et modèle de Hardy-Weinberg Évolution des populations : pressions évolutives et régime de reproduction  

TD (10h)
Partie Génétique des populations : 4 heures

Calcul des fréquences alléliques dans une population en équilibre dans le modèle d’Hardy-Weinberg et relation avec le régime de reproduction Calcul des fréquences alléliques et relation avec les forces évolutives

Partie Écologie : 3 heures

Interactions entre espèces et conséquence des perturbations d’une espèce sur la communauté d’espèces Fonctionnement des écosystèmes et conséquences des perturbations anthropiques

Partie Génétique des populations et Écologie : 3 heures

Fragmentation de l’habitat et conséquences sur la structure génétique des populations Introduction d’espèces envahissantes, conséquences sur la variabilité génétique au moment de la fondation des populations et sélection naturelle dans le nouvel environnement

TP (6h= 2h + 4h)

Génétique des populations, séance de 2h : simulation sur ordinateur de l’effet des forces évolutives (dérive et sélection) Écologie, séance de 4h : découverte d’écosystèmes sur le campus d’Orsay, description des principaux constituants et de leurs interactions-structuration dans l’espace

OAV1. Énumérer et définir les régimes de reproduction et les pressions évolutives.
OAV2. Préciser les effets des régimes de reproduction et des pressions évolutives sur la structure génétique des populations.
OAV3. Définir l’écologie en tant que discipline scientifique et son domaine d’étude.
OAV4. Discuter la dynamique temporelle des écosystèmes.
OAV5. Appliquer la démarche scientifique aux questions de génétique des populations et d’écologie.

Le chapitre Écologie est abordé avant le chapitre génétique des populations.
Pour les deux chapitres, des exercices en ligne sur la plateforme WIMS sont disponibles pour les étudiants. L’acquisition des notions sera évaluée par un examen en ligne sur un tirage aléatoire des exercices mentionnés ci-dessus. La note sera intégrée au contrôle continu.
Les deux chapitres sont aussi évalués en contrôle continu par des comptes rendus de Travaux Pratiques. Ces derniers sont corrigés par l’enseignant et rendus à la séance suivante.
Une épreuve finale sur les deux chapitres aura lieu à la fin du semestre.

Génétique Moléculaire et Evolutive, M Harry, Ed. Maloine
Génétique des populations, J-L Serre, Ed. Dunod
Mini Manuel d'écologie, C Tirard, R Barbault, L Abbadie, N Loeuille, Ed. Dunod
Ecologie, R Ricklefs, G Miller, Ed. De Boeck

Programme des Sciences de la Terre du secondaire.

Objectifs : Ce module est une introduction aux géosciences dans leurs globalité. Il permet à l’étudiant d’acquérir les connaissances de bases sur les processus géologiques internes et externes et aborde les fondamentaux que constituent l’histoire de notre planète, la connaissance du cycle des roches, et les processus internes et externes associés.

Description : Cette UE est constituée de cours magistraux et de travaux pratiques répartis comme suit : Dix heures de CM sont consacrées : i) à l’évolution du système solaire et structure interne de la Terre ainsi qu’aux processus principaux en œuvre depuis sa formation, du noyau jusqu’à la lithosphère ; ii) au cycle sédimentaire (production, transport, dépôt, diagenèse) et à quelques exemples d’environnements sédimentaires (fluviatiles, lacustres, évaporitiques, marins). Quatre TP sont destinés à l’étude et reconnaissance macroscopique de roches magmatiques (volcaniques et plutoniques) et sédimentaires (détritiques terrigènes et carbonatées) et deux TP sont dédiés à de la cartographie.

Les Objectifs d'Apprentissage Visés de cette UE sont de : OAV1. L’étudiant saura décrire et distinguer les modalités de formation des roches (magmatiques, métamorphiques et sédimentaires). L’étudiant pourra ainsi évaluer l’origine des roches et concevoir leurs modalités de formation. OAV2. L’étudiant saura décrire et différencier deux grandes familles de roches sédimentaires : les roches carbonatées et les roches détritiques terrigènes. Il observera et distinguera ces deux grandes familles de roches sédimentaires par la manipulation et l'observation macroscopique d’échantillons. Il mobilisera également des compétences de description macroscopique de ces roches. OAV3. L’étudiant saura décrire et reconnaître les deux grandes familles de roches magmatiques : roches volcaniques et roches plutoniques. Il observera et distinguera ces deux grandes familles de roches magmatiques par la manipulation d’échantillons. Des compétences de description macroscopique seront mobilisées. OAV4. L’étudiant sera capable de résumer le fonctionnement de la planète Terre depuis sa formation jusqu’à nos jours. Il sera capable d’expliquer la structure interne ainsi que les processus de genèse des magmas. L’étudiant saura ainsi exprimer les différentes étapes de différenciation fractionnée de ces derniers et sera apte à restituer les processus de formation des différents types de roches magmatiques. OAV5. L’étudiant mémorisera et saura différencier les différents processus du cycle des roches. Il intégrera l’ensemble des concepts vus en CM et, en s’appuyant sur les échantillons de roches manipulés en TP, il sera capable de relier quelques faciès sédimentaires à des environnements et paysages précis (e.g. structure volcaniques, plate-forme carbonatée, environnement fluviatile, lacustre…). OAV6. L’étudiant acquerra les bases des différents aspects de la cartographie et saura lire et interpréter les principales structures topographiques et géologiques visibles sur carte géologique. Il réalisera des schémas précis d’interprétations géologiques (carte topographiques et géologiques).

Les enseignements seront dispensés sous forme de cours magistraux et de travaux pratiques. L’évaluation sera faite via une épreuve finale de synthèse mais également par un suivi régulier. La plupart des TP seront ainsi ramassés et notés. À la fin de l’UE, une évaluation portant sur les connaissances acquises en TP aura lieu conjointement à l’épreuve écrite finale. Lors de l’épreuve écrite finale, l’étudiant sera amené à restituer les connaissances acquises lors des CM et devra être capable de décrire et interpréter des faciès sédimentaires ou réaliser des coupes topographiques et géologiques simples, comme présenté en cours.

Au cours de la première année de Licence les étudiants ont survolé au sein du socle « Système Terre, Climat, Energies », la notion de « cycle des roches » et ont été confrontés rapidement en TP aux types de roches existants. L’étudiant devait ainsi être capable de distinguer les roches magmatiques, métamorphiques et sédimentaires. Dans l’UE « Fonctionnement du Système Terre » les approches menées en première année sont approfondies et l’étudiant doit être capable au terme de l’UE d’identifier de nombreuses roches magmatiques et sédimentaires et d’émettre des hypothèses quant à leurs processus et lieux de formation.

Cette UE permettra aux étudiants souhaitant poursuivre leur cursus au sein du parcours L3 ESVT d’avoir les notions requises pour suivre le module « Dynamique et environnements sédimentaires ». Cette UE vise en effet à approfondir les connaissances acquises dans l’UE « Fonctionnement du Système Terre ».

Maurice Renard, Yves Lagabrielle, Erwan Martin, Marc Rafelis Saint Sauveur (de), Jean-Charles Pomerol. Eléments de géologie - 16e édition du Pomerol Cours, QCM et site compagnon. Dunod 2018 - 16ème édition - 1152 pages - 191 x 250 mm, EAN13 : 9782100724802.
Pierre Peycru, Jean-François Fogelgesang, Didier Grandperrin, Christiane Perrier, Bernard Augère, et al. Géologie tout-en-un BCPST 1re et 2e années. J'intègre, Dunod 2019 - 2ème édition - 720 pages - 191 x 250 mm, EAN : 9782100796243.

Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1: transcription et traduction. Bases de la démarche scientifique, techniques expérimentales vues en L1 et L2 S3.

L’UE GBM2 vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur certains mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, majoritairement chez les procaryotes , parfois chez les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux mécanismes qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de :
OAV1 : Savoir prédire le devenir d’un allèle lors de la parasexualité bactérienne : transformation, conjugaison.
OAV2 : Comprendre les principes de la PCR, concevoir des amorces de PCR et les contraintes liées au design d’amorces.
OAV3 : Comprendre les étapes clés d’un clonage moléculaire (digestion, ligature, transformation), choisir les enzymes de restriction et vecteurs appropriés selon le but expérimental, et interpréter les résultats d’un clonage (gel d’agarose, séquence, orientation de l’insert).
OAV4 : Décrire et distinguer les différentes étapes de la transcription (initiation, élongation et terminaison) chez les procaryotes et les eucaryotes.
OAV5 : Expliquer les principes généraux de la régulation transcriptionnelle chez les bactéries (répresseur, activateur, opéron) et décrire les modèles de régulation positive et négative.
OAV6 : Comprendre la complexité de la régulation transcriptionnelle chez les eucaryotes, identifier les rôles des séquences régulatrices et décrire les différents mécanismes de régulation transcriptionnelle et/ou post-transcriptionnelle en incluant ceux impliqués dans l’initiation de la transcription, la stabilité des ARNm et l’épissage.
OAV7 : Décrire les mécanismes impliqués dans les différentes étapes de la traduction (initiation, élongation et terminaison) chez les eucaryotes et chez les procaryotes. 
OAV8 : Décrire la structure des gènes et des génomes chez les eucaryotes et chez les procaryotes. 

OAV9 : Identifier le rôle des ARNt et des ribosomes et comprendre la notion de code génétique.

OAV10 : Décrire les effets des mutations lorsqu’elles sont positionnées sur le promoteur des gènes ou ses séquences de régulation localisées en cis, dans la séquence codante, à la jonction intron-exon et dans les régions intergéniques. 

OAV11 : Décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe, limites et contrôles) et appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.

Cette UE comprend 9 cours magistraux de 2H dispensés au rythme d’un par semaine.  11 TD de 2H chacun viennent illustrer les CM et leur sont complémentaires puisqu’ils permettent un approfondissement de certaines notions abordés en cours. Le dernier TD se présente sous forme d’une annale d'un examen posé les années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final. De plus, 5h de TP permettent de mettre en pratique le concept de PCR à travers la caractérisation de mutants. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des exercices avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques. L’acquisition des notions sera évaluée d’une part en contrôle continu à travers un examen sur table en milieu de semestre et un compte-rendu de TP effectué en binôme / trinôme, et d’autre part par un examen écrit final.

- Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.          - - - Raven, Johnson, Mason, Losos, Singer - Sciences du vivant
Adaptation française sous la direction de Jean-Claude Planel- Éditions De Boeck Supérieur, 6ᵉ édition (2020)
ISBN : 978-2-8073-2949-5

Contenu de l'UE de statistiques pour la biologie dispensée au L2S3 ou équivalent.

Le fonctionnement d’un écosystème est le résultat de phénomènes aléatoires que l'on peut étudier à partir de données recueillies sur le terrain. Pour aborder cette problématique, l’enseignement mèle un cours d’écologie fondamentale et des enseignements fondamentaux et appliqués en bio-statistiques.
Le cours d’écologie fondamentale porte sur la compréhension des processus responsables de la diminution de la biodiversité. Cinq volets seront particulièrement étudiés : les invasions biologiques, les changements climatiques, la destruction et la fragmentation des habitats, la surexploitation des espèces et les pollutions anthropiques.
Le cours de biostatistiques introduit des méthodes statistiques de base dont le principe et la mise en place pratique seront introduits lors des séances de TP. Le cours de statistiques fait suite au cours de statistiques du L2S3. Les méthodes statistiques abordées sont les tests gaussiens d’homogeneité des moyennes et des variances, le théorème de la limite centrale, les intervalles de confiance.
En TP, les étudiants apprendront à traiter des problèmes d'écologie à partir de jeux de données réels extraits d’études relatives aux thèmes abordés en cours. Le contexte et le plan d’expérience de l’étude seront introduits et discutés. Les étudiants seront amenés à répondre à des questions en écologie en mettant en oeuvre des tests statistiques (modélisation statistique et mise en oeuvre dans le logiciel R).

OAV1. Énoncer et définir les causes principales de perte de biodiversité et les expliquer sur la base d’exemples du cours.
OAV2. Décrire, analyser et interpréter un document ou un graphique basé sur des données scientifiques du domaine de l’écologie.
OAV3. Choisir le test statistique approprié à l’analyse des données parmi les tests vus en cours.
OAV4. Formuler les étapes des tests statistiques.
OAV5. Mettre en œuvre un test avec R en adaptant et réutilisant les scripts vus en cours/TP/TD.
OAV6. Interpréter du point de vue statistique et écologique les résultats des tests réalisés avec R.

L’équipe pédagogique est constituée de biologistes et de mathématicien-statisticiens. L’UE est constituée de 6 CM d’écologie de 1 heures 30, de 2 CM de statistiques de 2h et de TP de statistiques appliquées à l’écologie. Les TPs sont encadrés par un binôme d’enseignants mathématicien et biologiste. Le contrôle des connaissances se fera par des contrôles continus (DST, WIMS) et par un examen.

Programme de L1 : 
- Composition, fonction et interactions des différents compartiments cellulaires
- Cytosquelette et mitose
- Développement embryonnaire précoce du Xénope
- Organisation d’une plante à fleurs et développement primaire
Programme de L2S3 (UE GBM1 et Biochimie) :
- Expression de l’information génétique 
- Structure des protéines à différents niveaux
- Techniques expérimentales de biologie moléculaire

Cette UE pluridisciplinaire vise à fournir les notions indispensables pour comprendre :
 (i) la façon dont les comportements cellulaires (division, différenciation, croissance/élongation, migration) façonnent l’organisme en développement au cours du temps et dans les 3 dimensions de l’espace ;
 (ii) les spécificités du développement végétal (stratégie d'adaptation à l'environnement et à ses contraintes) ;
 (iii) l’importance de la communication et des interactions entre cellules/tissus pour le développement harmonieux de l'organisme.
 
Programme : Les cours magistraux (20h) permettront dans un premier temps d’introduire les principes de la signalisation cellulaire et d’étudier à l’échelle moléculaire les processus de division et de migration cellulaires. Ces apprentissages seront ensuite exploités dans le contexte de l’organisme animal ou végétal en développement dans le but d’illustrer comment prolifération, spécialisation cellulaire, changements de forme, croissance, processus migratoires (chez les animaux) et communications intercellulaires contribuent à façonner le futur individu. Une ouverture sera faite sur les pathologies associées à ces processus et la biologie des cellules souches.
Les travaux dirigés (15h) seront consacrés à observer, se questionner et mettre en œuvre les bases de la démarche scientifique. Un accent particulier sera mis sur la méthodologie de l’analyse de documents, la schématisation et la modélisation de résultats.
Les travaux pratiques (10h) permettront une initiation à la technique d’immunofluorescence et à la manipulation des fonctions de base d’un logiciel d’imagerie (ImageJ).

OAV1. Décrire l’organisation des cellules eucaryotes et leur environnement cellulaire
Il s’agit ici que l’étudiant (i) approfondisse les notions vues en L1 sur les organites intracellulaires et le cytosquelette et (ii) sache décrire et illustrer la structure de la matrice extracellulaire, les interactions cellules/matrice et les caractéristiques de la paroi des végétaux.
OAV2. Schématiser les différents modes de communication intercellulaire et leur impact sur l’activité biochimique, sur l’expression génique et sur l’organisation de la cellule cible (cytosquelette en particulier).
Il s’agit ici que l’étudiant soit capable de décrire les bases de la communication cellulaire (signal, récepteur membranaire, cascade intracellulaire, réponse biochimiques ou modification d’une combinatoire de facteurs de transcription spécifiques). Ces bases sont préalables à l’étude des comportements cellulaires in vivo (OAV6). Il n’est pas demandé de retenir la structure de voies de signalisation classiques ni de connaître les grandes familles de facteurs de transcription spécifiques.
OAV3. Décrire et schématiser les comportements cellulaires fondamentaux
Il s’agit ici que l’étudiant soit capable de décrire les comportements cellulaires universels qui sous-tendent le développement des organismes pluricellulaires : la division cellulaire (et l’influence de ses modalités sur le devenir des cellules), les étapes d’une voie de différenciation, l’expansion d’une cellule végétale, la transition épithélio-mésenchymateuse et la migration d’une cellule animale. D’un point de vue mécanistique, un focus est fait sur le rôle du cytosquelette au cours de la mitose animale et végétale et sur la régulation du cycle cellulaire (limité à la régulation de l’entrée en phase S). On introduit aussi la notion de programme génétique de différenciation.
OAV4. Décrire la formation/organisation et le devenir d’un nombre limité de structures embryonnaires ou post-embryonnaires
On souhaite ici que l’étudiant acquiert le vocabulaire de base préalable à la description de phénotypes in vivo et qu’il se familiarise avec les systèmes développementaux dans lesquels les processus cellulaires du développement seront étudiés. Il s’agit d’être capable de décrire un nombre limité de structures embryonnaires/post-embryonnaires (l’embryon d’angiosperme et le fonctionnement des méristèmes apicaux pour le développement végétal ; le développement précoce, les crêtes neurales et les somites pour le développement animal qui sera limité à des modèles vertébrés). L’étudiant doit aussi être capable de situer ces structures dans l’espace et le temps et de citer leur devenir.
OAV5 (transversal). Savoir décrire et/ou mettre en œuvre différentes techniques d’analyse couramment utilisées en Biologie cellulaire et Développement
L’enjeu ici est que l’étudiant soit capable de décrire, sans rentrer dans les détails moléculaires, le principe des techniques/outils d’analyse couramment utilisés en Biologie cellulaire et Développement. D’un point de vue pratique, l’étudiant apprendra à réaliser une immunofluorescence, manipuler les fonctions de base d’un logiciel de traitement d’image (IMAGEJ) et réaliser un montage.
OAV6 (transversal). Analyser des expériences in vitro ou in vivo et modéliser une procédure ou un résultat
Le but ici est que l’étudiant soit capable, sur la base des connaissances théoriques et techniques acquises (OAV 1 à 5), d’interpréter un panel d’expériences (au niveau cellulaire ou au niveau de l’organisme) ayant trait à un nombre limité de systèmes développementaux. Il lui est demandé de savoir décrire un phénotype, comparer contrôle et situation expérimentale et conclure sur la question biologique traitée. Si une modélisation du résultat est demandée, l’étudiant sera guidé pas à pas dans sa réalisation (par exemple via des schémas à compléter).

L’UE bénéficie d’un cours eCampus très structuré incluant : 
- Une proposition de planning de travail hebdomadaire afin de ne pas se laisser déborder. 
- Des synthèses rédigées reprenant à l’aide de vidéos ou schémas légendés les notions majeures abordés en cours d’amphi.
- Des quizz d’auto-évaluation sur chaque partie du programme.
Des séances de révisions en amphi sont en outre organisées avant les premières épreuves de contrôle continu.

Biologie cellulaire. Y. Bassaglia
Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Biologie du développement : Les grands principes. L.Wolpert et al.
Biologie Végétale Croissance et Développement. J.F. Morot-Gaudry, R. Prat & I. Bohn-Courseau

Cette UE libre est ouverte aux étudiants qui souhaitent suivre un enseignement optionnel supplémentaire (sous réserve de compatibilité des emplois du temps et après accord des responsables de formation) et/ou réaliser un stage facultatif conventionné.
NB : Cette UE est non diplômante, c’est à dire que sa validation ne peut pas servir à l’obtention des 60 ECTS nécessaires à la validation de l’année

OAV : Acquérir un complément de formation.

Modalités de contrôle des connaissances et compétences (MC2C) :

Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de suivre une UE optionnelle supplémentaire, la validation de l’UE suivra les MC2C de l’UE en question. Si l’étudiant s’inscrit dans cette UE dans le but de réaliser un stage facultatif conventionné, il conviendra avec son enseignant référent des modalités de suivi et d’évaluation. Cette évaluation ne fera pas l’objet d’une note, le résultat sera « acquis » ou « non acquis ».

Connaissances de base en biologie

Durant la période de stage en laboratoire, l’étudiant va mettre en pratique les connaissances théoriques acquises jusque là, pour répondre à une question précise issue d'une problématique générale d'un laboratoire de recherche. L'étudiant appliquera, dans un contexte professionnel, les différentes étapes de la démarche expérimentale : faire la synthèse des connaissances et cerner la problématique, cibler une question, proposer des hypothèses, réaliser les expériences pour valider ou non cette hypothèse. L'étudiant va également utiliser toutes les formes de retranscription des données expérimentales (cahier de manips, présentation orale, rapport écrit, ...).

Après le stage, l’étudiant sera capable de :
OAV1. Adopter une attitude appropriée selon les interlocuteurs, en milieu professionnel.
OAV2. Identifier la (les) problématique(s) posée(s) dans un projet de recherche et comprendre la (les) stratégie(s) expérimentale(s) choisie(s) pour y répondre.
OAV3. Mobiliser les connaissances théoriques acquises.
OAV4. Réaliser des expériences simples de biologie de façon autonome et des expériences complexes en étant accompagné (par un protocole et/ou un encadrant).
OAV5. Présenter et discuter ses résultats de manière critique et argumentée à la fois à l’oral (soutenance de stage) et à l’écrit (rapport de stage), à l’aide du vocabulaire scientifique adapté.

La mise en situation professionnelle est effectuée au travers d’un stage de recherche dans un laboratoire, pendant au moins 6 semaines. L’étudiant est encadré dans le laboratoire par un maître de stage, et il a un référent au sein de l’équipe pédagogique. Ce dernier assure le lien entre l’étudiant, le maître de stage, et l’équipe pédagogique et suit l’étudiant au travers de points de discussion réguliers. Lors de l’oral de fin de stage, le maître de stage est invité à discuter de l’implication de l’étudiant durant la période de mise en situation professionnelle.

Attendus de l'UE Langue-Anglais2 : Niveau B1 minimum dans les 5 compétences linguistiques

ANGLAIS GÉNÉRAL. Cette UE s'inscrit dans la continuité de l'UE Langue-Anglais1 : on prolongera notamment le
travail sur la prononciation ainsi que l'approche actionnelle dans les 5 compétences (compréhension
orale et écrite, expression écrite, expression orale en continu et en interaction) à partir de thèmes choisis tels que Science et Technologie, Médias et Réseaux sociaux.
L'interaction se fait à travers des documents écrits et/ou audiovisuels centrés sur une problématique et un scénario de
communication et/ou dans la cadre d'un projet tout au long du semestre. La communication interculturelle pourra être abordée dans le cadre du cours.

Le travail se fera par groupes de niveau.

Cette UE est une initiation à la communication scientifique en anglais. À travers différentes activités, les étudiants vont apprendre à manipuler les outils principaux de communication scientifique en anglais, tels que l'écriture d'un résumé scientifique, la préparation d'une présentation orale, ou la compréhension de séminaires scientifiques comme s'ils étaient à un congrès international. L’UE a également pour objectif de mettre les étudiant(e)s en confiance et de les encourager à utiliser l’anglais pour échanger sur des thématiques scientifiques, même si leur niveau de langue reste perfectible.

OAV1. Savoir s’exprimer à l’oral en anglais sur des thématiques scientifiques 
OAV2. Rédiger un résumé scientifique à partir d’un séminaire donné par un chercheur 
OAV3. Préparer un exposé et le présenter devant la classe sur un sujet scientifique

L’objectif ici n’est pas de bien connaître la grammaire ou d’avoir un bon accent, mais de pouvoir communiquer avec d’autres personnes (anglophones ou non-anglophones) pour parler de science en utilisant l’anglais, sans être inhibé par son niveau. Pour s’entraîner l’étudiant pourra par exemple se présenter devant les autres, participer à des discussions, des débats, enrichir son vocabulaire dans la description des résultats scientifiques.
Afin de développer sa capacité de synthèse, l’étudiant devra rédiger un résumé des différentes parties du séminaire de son choix, présenté par un chercheur spécialiste du domaine. Il devra également réaliser une recherche bibliographique pour présenter oralement une thématique scientifique de son choix, avec un diaporama pour support et répondre aux questions posées par l'audience composée des étudiants et de l'enseignant. Un débat pourra alors être engagé.

L'UE « Méthodologie Scientifique » du cursus L2 Bioplus s’inscrit dans la continuité de l’UE « Sensibilisation à la Recherche » et permet de renforcer ses OAVs. Elle est également associée à l’UE « Mise en situation professionnelle BioPlus ». En effet, cette UE a pour objectif de guider les étudiants dans la démarche pratiquée en recherche. Passer d’un sujet d’intérêt à l’élaboration d’un projet scientifique, développer un sens critique, identifier des questions scientifiques et construire une problématique de recherche, tels sont les attendus de ce cheminement. Pour y parvenir les étudiants s’exerceront dans un premier temps à cette démarche à partir d’un thème proposé et travailleront en binôme pour définir une problématique en lien avec ce sujet et proposer des expériences pour y répondre. Dans un second temps, par groupe, les étudiants vont réaliser une Approche par Problème (APP) pour s’exercer à poser clairement le contour d’une problématique en regard à une question donnée.

OAV1. Consolider les acquis de l’UE « Sensibilisation à la Recherche » du premier semestre en renforçant les points suivants : définition d’une problématique, construction d’un raisonnement scientifique et réalisation d’une recherche bibliographique.
OAV2. Analyser et interpréter des données expérimentales, en faisant appel à des connaissances et des concepts en Biologie acquis antérieurement dans le cursus et/ou abordés au cours du premier semestre.
OAV3. Poser un regard critique sur des articles scientifiques rédigés en anglais.
OAV4. Favoriser la concertation et l’organisation collective au travers de travaux de groupes.
OAV5. Présenter à l’oral, sous forme de diaporama, les résultats de la démarche scientifique élaborée sur le thème donné.

Un investissement personnel important est nécessaire à la réalisation du travail demandé. Une problématique donnée est attribuée à chaque groupe d’étudiants. Le groupe définit précisément la problématique et conçoit les expériences à réaliser pour valider ou non les hypothèses de travail. Un enseignant tuteur assure le suivi du projet en posant des jalons que le binôme ou le groupe devra valider pour assurer sa progression. Le projet terminal sera présenté et défendu devant les autres groupes.

Invisibles à l’œil nu, les micro-organismes et les virus constituent les entités biologiques les plus abondantes et les plus diversifiées de la planète. Ils jouent un rôle fondamental dans le fonctionnement et l’équilibre des écosystèmes et ont été des acteurs majeurs de l’apparition puis de l’évolution de la vie sur Terre. Présents dans tous les cycles biogéochimiques, ils influencent profondément la dynamique du vivant.
Souvent bénéfiques plutôt que pathogènes, les micro-organismes exercent une influence considérable — longtemps sous-estimée — sur notre quotidien. Certains participent directement au maintien de la santé humaine, par exemple via le microbiote intestinal qui contribue à la digestion et protège contre des germes pathogènes. D’autres sont exploités en industrie, qu’il s’agisse de la production d’aliments et de boissons fermentées (pain, yaourt, vin), du traitement des eaux usées ou encore de la synthèse de composés d’intérêt comme les antibiotiques ou les biocarburants.
Cependant, certains micro-organismes représentent aussi une menace sanitaire majeure, responsables d’épidémies ou de pandémies. La compréhension et la maîtrise du monde microbien, ainsi que l’exploitation raisonnée de son potentiel, constituent donc des enjeux cruciaux pour nos sociétés dans des domaines aussi variés que la santé, l’agriculture, l’alimentation, l’environnement et le développement durable.
Cet enseignement propose d’explorer cette diversité — depuis les métabolismes microbiens jusqu’aux interactions au sein des écosystèmes — et d’aborder les stratégies antimicrobiennes et l’émergence préoccupante de résistances. Il vise à donner aux étudiants les clés pour comprendre les grands enjeux scientifiques et sociétaux actuels en Microbiologie.

OAV1. Identifier les grands types de micro-organismes (archées, bactéries, eucaryotes, virus) et expliquer leur abondance et leur diversité dans les écosystèmes humains, animaux, végétaux ou environnementaux.
OAV2. Expliquer le rôle des micro-organismes dans les cycles de la matière et discuter des applications liées à leur utilisation pour produire, de façon durable, des composés d’intérêt.
OAV3. Décrire et comparer les différents types d’interactions microbiennes au sein de communautés (biofilms, microbiotes) et dans la relation avec un hôte.
OAV4. Illustrer, à travers l’exemple du microbiote intestinal, l’importance des micro-organismes dans le maintien de la santé humaine.
OAV5. Différencier les principales stratégies de lutte contre les micro-organismes (antibiotiques, vaccination, phagothérapie, alternatives innovantes) et analyser les enjeux liés au développement de résistances aux agents antimicrobiens.
OAV6. Exploiter des documents scientifiques pour en extraire l’information essentielle, la présenter sous forme de poster et la communiquer efficacement à l’oral devant un public.

Enseignement intégré combinant cours magistraux, travaux dirigés et projets d’apprentissage actif par problèmes (APP), articulés autour des grands thèmes de la Microbiologie appliquée à la Santé et à l’Environnement.

Les éléments abordés lors de cette UE seront :

Biologie et écologie des populations

• effectifs, croissance, dynamique (croissance exponentielle et logistique)

• les tables d'histoire de vie

• les traits d'histoire de vie

• normes de réactions

• concept de métapopulations

  Écologie des communautés

• description, caractérisation des communautés

• les indices de diversités et la caractérisation des diversités alpha, beta et gamma

• concept de niche écologique

  Écologie des interactions plurispécifiques

• caractérisation des interactions (compétition, prédation, parasitisme et mutualisme); définitions - modélisation

• Modèles théoriques de compétitions et de prédation

OAV1. Définir les traits d’histoire de vie individuels, décrire les principaux et justifier leur influence sur la dynamique d’une population.
OAV2.   Décrire la variabilité individuelle en fonction des conditions environnementales. 
OAV3. Décrire les principales relations intra et interspécifiques qui structurent les communautés.
OAV4. Choisir et utiliser les indices de biodiversité à différentes échelles spatiales et temporelles.
OAV5. Mobiliser des concepts et outils des mathématiques et de la physique dans le cadre des problématiques d’écologie des populations et des communautés.

L'UE s'articulera sur une complémentarité entre cours magistraux et travaux pratiques (TP). 
Pour les partie Biologie et Écologie des populations et Interactions Plurispécifiques, deux TPs basés sur la simulation de populations et l'analyse de donnée viendront illustrer le cours.
Pour le cours d'Écologie des communautés, l'accent sera mis sur des activités de terrain, composante essentielle en écologie.
Deux TPs et un TD viendront ainsi compléter ce cours.
Lors d’un TD en salle, les étudiants s'attacheront à manipuler les outils de mesure de la biodiversité et se familiariser avec ces outils via des analogies. 
Un TP illustrera le concept de plasticité phénotypique et de normes de réactions. 
Un autre TP illustrera le concept de niche écologique. 
Pour les deux TPs , il s’agit dans un premier temps de faire des mesures sur le terrain de paramètres biologiques et physicochimiques. Dans un deuxième temps les étudiants seront en autonomie pour l'analyse de leur échantillonnage.

La physiologie est l'étude du fonctionnement des organismes vivants. Cette discipline met en œuvre des méthodes d'études spécifiques et fait appel à une rigueur dans le formalisme des concepts fondamentaux. L'enseignement est centré sur une introduction aux méthodes et aux concepts de la physiologie animale avec comme types cellulaires étudiés les neurones, les cellules gliales, sanguines et rénales. Il s'attache à traiter les interactions fonctionnelles entre ces types cellulaires conduisant à une meilleure compréhension de l’organisme entier. Le module est structuré en deux parties, l’une qui porte sur l'environnement liquidien de ces cellules, et l’autre sur la physiologie cellulaire du système nerveux.
Environnent liquidien : composition et régulation
CM (10,5h)

• ions et protéines contrôlant ou modulant la répartition des liquides dans l’organisme
• mécanismes permettant la répartition des liquides dans l’organisme (forces de Starling)
• éléments figurés du sang (cellules sanguines) et leurs rôles
• étapes et acteurs principaux de la coagulation sanguine et de l’hémostase (éléments vasculaires, cellulaires, ioniques et protéiques)
• anatomie du néphron, élément fonctionnel du rein, et élaboration de l’urine
• fonctionnement rénal : ses adaptations et régulations hormonales et nerveuses
• fonctionnement rénal : homéostasie de l’osmolarité des liquides dans l’organisme et régulation du pH
• système immunitaire : types cellulaires et protéiques
• système immunitaire : mécanismes généraux de l’immunité et de l’inflammation
  TP
• Dosage du sodium et potassium et détermination du volume sanguin chez le rat
• Physiologie rénale
• L’osmose et la régulation du volume cellulaire
  TD
• Filtration glomérulaire
• L’inflammation
  Physiologie cellulaire du système nerveux
  CM (10,5)
• éléments du tissu nerveux : neurones – cellules gliales – vaisseaux sanguins (ou glie limitante externe) et leurs relations fonctionnelles et dynamiques (recapture des neuromédiateurs, régénération axonale)
• couplage métabolique neurone – glie
• homéostasie potassique du parenchyme nerveux
• transport des ions à travers la membrane plasmique d’une cellule animale
• canaux ioniques et forces contrôlant le potentiel de membrane et soutenant le potentiel d’action
  TP
• Batterie de diffusion et la relation Nernst
• Potentiel de membrane
• Potentiel d’action composé
  TD
• Potentiel de membrane
• La synapse

OAV1. Savoir décrire les coopérations fonctionnelles entre neurones et cellules gliales.
OAV2. Connaître les mécanismes de régulation du potentiel de membrane ainsi que les bases de l’excitabilité cellulaire (potentiel électrotonique, potentiel d’action) et de sa transmission (potentiel synaptique).
OAV3. Énumérer les constituants plasmatiques contrôlant la répartition des liquides dans l’organisme, ainsi que les mécanismes et facteurs qui régulent les échanges entre les compartiments intra- et extra-cellulaires en s'appuyant entre autre, sur le cas des cellules sanguines et leurs rôles physiologiques principaux.
OAV4. Décrire l’anatomie fonctionnelle du rein et comprendre son rôle dans la régulation fine des équilibres liquidiens, du pH et de l’osmolarité du plasma et des liquides interstitiels.
OAV5. Connaître l'anatomie et les fonctions principales du système lymphatique.
OAV6 (transversal). Collecter, analyser, interpréter et maîtriser la présentation des données scientifiques.

Les cours magistraux sont divisés en deux parties selon les deux thèmes. Les TP et TD illustrent et permettre un approfondissement de certaines notions abordés en cours et sont donc complémentaires des enseignements théoriques. Les TP sont effectués en binome / trinome et feront objet d'un compte-rendu qui sera noté. La participation active aux TD sera également évaluée par une notation qui figura dans la note du contrôle continu.

Neurosciences : à la découverte du cerveau de Bear, Conners, Paradiso, Nieoullon. Edition Pradel.
Physiologie du neurone de Chesnoy-Marchais, Tritsch, Feltz. Edition Doin
Physiologie humaine : Une approche intégrée de Silverthorn et Brun. Edition Pearson
Précis de physiologie humaine, tome I. Jack Baillet & Erik Nortier. Edition Ellipses

L'UE de "Sensibilisation à la recherche" est l'une des spécificités du cursus L2 Bioplus. Elle a notamment pour objectifs de sensibiliser de jeunes étudiants à la démarche scientifique et de leur fournir les bases nécessaires à l'élaboration d'un projet de recherche. En effet, cette UE est intimement associée aux UEs « Méthodologie Scientifique » et « Mise en situation professionnelle BioPlus » du second semestre. Dans cet esprit, différents enseignements (cours, TD de méthodologie, TP en salle informatique) sont proposés de manière à ce qu’à l’issue de cette UE, les étudiants soient en mesure de remplir les OAVs détaillés plus loin.

OAV1 : Définir la (les) problématique(s) majeure(s) d’un travail de recherche, en le replaçant dans un contexte plus général et en expliquant les enjeux qui y sont liés 
OAV2 : Analyser et interpréter des données expérimentales en faisant appel à des connaissances et des concepts en Biologie acquis antérieurement dans le cursus et abordés au cours du premier semestre
OAV3 : Utiliser des outils bio-informatiques permettant l’analyse et/ou la manipulation de séquences nucléotidiques ou protéiques.
OAV4 : Lire et comprendre un article scientifique en anglais en y portant un regard critique sur son contenu
OAV5 : Présenter à l’oral en binôme, sous forme de diaporama l’analyse faite d’un article scientifique
OAV6 : Réaliser une recherche bibliographique sur une thématique donnée, notamment via l’utilisation de la base de données PubMed, en vue de pouvoir reproduire ce type de recherche au second semestre pour mieux appréhender le projet de stage et se renseigner sur une thématique de recherche
OAV7 : Rechercher un stage en bénéficiant d’un accompagnement spécifique de la part des enseignants notamment dans la rédaction de leur CV et leur courrier d’accompagnement.

Le cursus requiert un investissement personnel de la part des étudiants, qui sont évalués en contrôle continu à travers des présentations orales et des travaux écrits portant sur une thématique de recherche en biologie. Dès le début du semestre, l’équipe pédagogique accompagne les étudiants dans leurs démarches de candidature auprès des laboratoires, en vue de trouver une équipe d’accueil pour le stage de recherche obligatoire de six semaines, prévu au second semestre (voir fiche UE « Mise en situation professionnelle BioPlus » pour plus d’informations). Cet accompagnement inclut notamment la relecture et la correction du curriculum vitae ainsi que du courriel de candidature.

L’UE « Biologie Plus » constitue une unité d’enseignement spécifique et obligatoire du parcours L2 BioPlus. Elle est étroitement articulée avec l’UE « Sensibilisation à la Recherche » ainsi qu’avec l’UE « Mise en situation professionnelle BioPlus ».
Dans ce cadre, les étudiant(e)s ont notamment l’opportunité de découvrir leur futur laboratoire d’accueil pour le stage obligatoire. Plusieurs visites sont organisées en début de second semestre, avant le démarrage de la phase expérimentale du projet. Ces rencontres leur permettent d’échanger avec leur tuteur ou tutrice de stage et de préparer une introduction bibliographique en lien avec leur sujet.
Parallèlement, les étudiant(e)s bénéficient d’enseignements complémentaires à ceux dispensés durant l’année en Biologie Cellulaire, Physiologie Animale et Physiologie Végétale. Une ouverture vers le monde professionnel leur est également proposée, notamment à travers un séminaire consacré au marché de l’emploi en biotechnologie et la possibilité d’assister au Forum du Magistère. Cet événement réunit des alumni du Magistère venus présenter leur parcours et témoigner de la diversité des débouchés offerts par la formation.

OAV1. Compléter les connaissances acquises au cours du S4 en Biologie Cellulaire, Physiologie Animale et Végétale.
OAV2. Définir la (les) problématique(s) majeure(s) d’un travail de recherche, en le replaçant dans un contexte plus général et en expliquant les enjeux qui y sont liés.
OAV3. Analyser et interpréter des données expérimentales en faisant appel à des connaissances et des concepts en Biologie acquis antérieurement dans le cursus et abordés au cours du premier semestre.
OAV4. Lire et comprendre un article scientifique en anglais en portant un regard critique sur son contenu.
OAV5. Mettre en pratique les enseignements dispensés dans l’UE "Sensibilisation à la Recherche" en S3, afin de réaliser une recherche bibliographique portant sur le projet de stage, notamment via l’utilisation de la base de données PubMed.
OAV6. Explorer comment construire son parcours professionnel avec une première approche du marché du travail (les métiers) ; identifier les besoins des entreprises en lisant une annonce sur internet par ex. ; échanger avec des anciens étudiants du Magistère qui ont déjà un poste dans la recherche (publique ou privée) ou dans une entreprise.

Les étudiants ont l’occasion de se rendre dans leur équipe de stage dès le début du 2nd semestre (S4). Ces visites ont non seulement pour but de leur permettre de se familiariser avec l’équipe d’accueil et le personnel qui y travaille, mais surtout de préparer, au travers de discussions avec leur tuteur, un rapport bibliographique sur leur projet de stage qui sera suivi et évalué par leur enseignant référent. Les étudiants auront aussi l’occasion d’assister tout au long du semestre : i) à des séminaires complémentaires portant sur des sujets abordés en cours au cours de l’année, ii) à un séminaire sur le marché du travail en biologie/biotechnologie, et iii) au forum du Magistère, au cours duquel d’ancien(ne)s étudiant(e)s du BioPlus et du Magistère viennent échanger sur leur parcours professionnel, sensibiliser les étudiants actuels sur les débouchés offerts par ces formations et leur permettre d’amorcer la création de leur propre réseau dès la L2.

Connaissances de base de la structure et de l'anatomie des végétaux (niveau L1) et des fondamentaux de la chimie (niveau bac). Notions de base de la biologie cellulaire et moléculaire.

La physiologie est l'étude du fonctionnement des organismes vivants. Les bases fondamentales du fonctionnement des plantes telles que la nutrition carbonée, la nutrition azotée, l'équilibre hydrique ainsi que la physiologie des hormones seront étudiées en relation avec l'environnement. Une partie portera sur les mécanismes de la photosynthèse depuis la capture de la lumière jusqu’à la transformation de cette énergie en carbone réduit, ainsi que sur la voie de l’assimilation de l’azote et la gestion de l’eau par les plantes. Dans une seconde partie, il s’agira de comprendre comment la plante perçoit et s’adapte à son environnement et d’aborder le rôle des hormones dans ces processus. Une dernière partie abordera les interactions entre les plantes et les micro-organismes pouvant être bénéfiques ou néfastes.

OAV1. Réaliser des expériences en condition de laboratoire.
OAV2. Analyser et interpréter des résultats scientifiques.
OAV3. Décrire les processus nécessaires pour l'autotrophie des plantes.
OAV4. Décrire et connaître les régulateurs majeurs de la physiologie de l'adaptation à l'environnement.
OAV5. Comprendre l'importance des interactions des plantes avec les micro-organismes, notamment les microbes bénéfiques ou pathogèniques.

Le module se compose de cours accompagnés de nombreux TDs et TPs qui apportent des informations complémentaires. Cette UE est majoritairement composée de TPs (55%) permettant d'illustrer concrètement les concepts abordés.

BIOLOGIE VÉGÉTALE. Croissance et Développement. JF Morot- Gaudry. Editions Dunod. 3ème édition 2017
BIOLOGIE VÉGÉTALE. Nutrition et métabolisme. JF Morot- Gaudry. Editions Dunod. 3ème édition 2017
BIOLOGIE VÉGÉTALE. JC Laberche. Editions Dunod. 3ème édition 2020
PHYSIOLOGIE VÉGÉTALE. M. Coupé, B. Touraine. Editions Dunod. 2016
PHYSIOLOGIE VÉGÉTALE. Nutrition. R. Heller. Editions Dunod. 6ème édition 2020

L’objectif général du cours est de donner une base bien établie en Biochimie des protéines et Métabolisme énergétique.

Pour la première partie, le but sera d’acquérir des connaissances précises sur ce que sont les protéines et leur importance en biologie. Le cours décrit, de façon précise, les différents niveaux de leur organisation structurale avec l’idée d’unifier l’extraordinaire diversité des organisations macromoléculaires rencontrée en biologie par la combinaison de quelques principes sous-jacents.
Dans la seconde partie de cet enseignement, le but sera de comprendre les principes qui régissent les conversions d’énergie dans la cellule. En particulier, le cours se focalisera sur les mécanismes permettant à des organismes hétérotrophes d’oxyder les nutriments pour assurer la synthèse d’ATP.
Les travaux dirigés sont conçus pour apprendre aux étudiants à savoir regarder et se repérer dans une structure de protéine, y compris en utilisant des outils de bioinformatique structurale, et également à manipuler les concepts acquis sur les propriétés physico-chimique des protéines grâce à des exercices concrets. Ils leur permettront également de manipuler les concepts acquis sur les conversions d’énergie grâce à des exercices concrets.

L'esprit de cette unité d'enseignement est de se focaliser sur un éventail restreint de questions, choisies parce qu'elles sont une base utile à l'ensemble de la Biologie, mais de les couvrir avec une certaine exigence.

OAV1. Décrire la structure des protéines à différents niveaux (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) en s’appuyant sur les propriétés de la liaison peptidique et des chaînes latérales des acides aminés.
OAV2. Décrire les principes des méthodes utilisées pour comparer les séquences et les structures des protéines. Expliciter les conséquences des liens évolutifs.
OAV3. Décrire la succession des étapes nécessaire à l'obtention d'une protéine recombinante.
OAV4. Décrire les méthodes usuelles de purification préparative des protéines.
OAV5. Connaitre les principales méthodes d'analyse des protéines (SDS PAGE, western blot, séquençage). Interpréter les résultats d'expériences simples.
OAV6. Formuler et discuter les principes de bases de la Bioénergétique cellulaire.
OAV7. Reconnaitre, décrire et représenter les sucres simples et les principaux polysaccharides de réserve et de structure.
OAV8. Nommer, définir et exposer les voies métaboliques impliquées dans la synthèse de ATP cellulaire à partir de l’oxydation des sucres et des lipides simples.
OAV9. Décrire, représenter, expliquer et exposer l'ensemble des éléments impliqués dans le processus de phosphorylation oxydative.

Deux cours par semaine de 1h30 en Amphi : 1 sur les protéines et l'autre sur le métabolisme énergétique.
11 TD de 2h permettront d'approfondir les notions vues en cours et parfois d'aller plus loin dans certains domaines.

Un partiel est organisé en milieu de semestre (QCM) et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noel.

"Principes de Biochimie" de Lehninger

• "Biochimie" de Stryer, Berg et Tymoczko

Contenu de l'UE de statistiques pour la biologie dispensée au L2S3 ou équivalent.

Le fonctionnement d’un écosystème est le résultat de phénomènes aléatoires que l'on peut étudier à partir de données recueillies sur le terrain. Pour aborder cette problématique, l’enseignement mèle un cours d’écologie fondamentale et des enseignements fondamentaux et appliqués en bio-statistiques.
Le cours d’écologie fondamentale porte sur la compréhension des processus responsables de la diminution de la biodiversité. Cinq volets seront particulièrement étudiés : les invasions biologiques, les changements climatiques, la destruction et la fragmentation des habitats, la surexploitation des espèces et les pollutions anthropiques.
Le cours de biostatistiques introduit des méthodes statistiques de base dont le principe et la mise en place pratique seront introduits lors des séances de TP. Le cours de statistiques fait suite au cours de statistiques du L2S3. Les méthodes statistiques abordées sont les tests gaussiens d’homogeneité des moyennes et des variances, le théorème de la limite centrale, les intervalles de confiance.
En TP, les étudiants apprendront à traiter des problèmes d'écologie à partir de jeux de données réels extraits d’études relatives aux thèmes abordés en cours. Le contexte et le plan d’expérience de l’étude seront introduits et discutés. Les étudiants seront amenés à répondre à des questions en écologie en mettant en oeuvre des tests statistiques (modélisation statistique et mise en oeuvre dans le logiciel R).

OAV1. Énoncer et définir les causes principales de perte de biodiversité et les expliquer sur la base d’exemples du cours.
OAV2. Décrire, analyser et interpréter un document ou un graphique basé sur des données scientifiques du domaine de l’écologie.
OAV3. Choisir le test statistique approprié à l’analyse des données parmi les tests vus en cours.
OAV4. Formuler les étapes des tests statistiques.
OAV5. Mettre en œuvre un test avec R en adaptant et réutilisant les scripts vus en cours/TP/TD.
OAV6. Interpréter du point de vue statistique et écologique les résultats des tests réalisés avec R.

L’équipe pédagogique est constituée de biologistes et de mathématicien-statisticiens. L’UE est constituée de 6 CM d’écologie de 1 heures 30, de 2 CM de statistiques de 2h et de TP de statistiques appliquées à l’écologie. Les TPs sont encadrés par un binôme d’enseignants mathématicien et biologiste. Le contrôle des connaissances se fera par des contrôles continus (DST, WIMS) et par un examen.

Pré-requis : Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1 (réplication, transcription, traduction, mitose et méiose). Bases de la démarche scientifique et techniques expérimentales vues en L1.

Le contenu réparti dans deux UEs sur les 2 semestres GBM1 (L2S3) et GBM2 (L2S4) vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur les mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, à la fois chez les procaryotes et les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux concepts qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer les différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure :
OAV 1 : d’intégrer le mécanisme de réplication de l’ADN chez les procaryotes. Il/elle saura restituer l’enchainement des étapes à l’échelle de la cellule en associant réplication et division cellulaire.  
OAV 2 : de définir les grandes classes de lésions de l'ADN, et de décrire les principaux mécanismes de réparation de ces lésions, de distinguer lésion et mutation, de définir le polymorphisme présent au sein d’une population.  
OAV 3 : d’intégrer les notions de base de la génétique mendélienne: l'étudiant-e devra être capable de décrire les étapes de mitose et de meïose, de prédire le devenir d'un et de deux couples d'allèles à travers la reproduction sexuée; D'illustrer l'effet des stress génotoxiques sur la variabilité génétique.  
OAV 4 : de calculer le titre d’une culture bactérienne, de déterminer un pourcentage de survie et une fréquence de mutation, de réaliser et d’analyser des tests génétiques (dominance/récessivité) chez la levure.  
OAV 5 : d’identifier le ou les gènes impliqué(s) dans un processus biologique par le test de complémentation fonctionnelle.  
OAV 6 : de décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe et limites), d’appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.   
OAV 7 : de mettre en œuvre un protocole expérimental incluant des approches génétiques, de biologie moléculaire et de microbiologie en respectant les règles de sécurité en laboratoire.

Cette UE est organisée comme suit : 8 cours de 2H (un par semaine), 10 TD de 2H (un par semaine) et également 2 séries de TP. Un partiel est organisé en milieu de semestre et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noël. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des TD avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques, un glossaire, et des exercices et problèmes corrigés sur certaines parties de cours pour aider les étudiants à la compréhension des notions enseignées. Enfin le dernier TD est une annale d'un examen posé une des années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final du mois de décembre.

Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Génétique, gènes et génomes Rossignol, J.L. et al.
Génétique. Serre J.L.

Définir les notions de base de la génétique mendélienne : gène, allèle, locus, polymorphisme, transmission d’un couple d’allèles chez des organismes haploïdes et diploïdes.
Définir les notions d’espèce et de population. Définir la notion d’évolution et les pressions évolutives : sélection naturelle, dérive génétique et mutations.

Cours (9h= 6*1.5h)
Partie Écologie : 3 séances de 1h30

Introduction à l’écologie Écosystème et communautés Impacts des changements globaux anthropiques sur les écosystèmes

Partie Génétique des populations : 3 séances de 1h30

Introduction à la génétique des populations Calcul des fréquences, panmixie et modèle de Hardy-Weinberg Évolution des populations : pressions évolutives et régime de reproduction  

TD (10h)
Partie Génétique des populations : 4 heures

Calcul des fréquences alléliques dans une population en équilibre dans le modèle d’Hardy-Weinberg et relation avec le régime de reproduction Calcul des fréquences alléliques et relation avec les forces évolutives

Partie Écologie : 3 heures

Interactions entre espèces et conséquence des perturbations d’une espèce sur la communauté d’espèces Fonctionnement des écosystèmes et conséquences des perturbations anthropiques

Partie Génétique des populations et Écologie : 3 heures

Fragmentation de l’habitat et conséquences sur la structure génétique des populations Introduction d’espèces envahissantes, conséquences sur la variabilité génétique au moment de la fondation des populations et sélection naturelle dans le nouvel environnement

TP (6h= 2h + 4h)

Génétique des populations, séance de 2h : simulation sur ordinateur de l’effet des forces évolutives (dérive et sélection) Écologie, séance de 4h : découverte d’écosystèmes sur le campus d’Orsay, description des principaux constituants et de leurs interactions-structuration dans l’espace

OAV1. Énumérer et définir les régimes de reproduction et les pressions évolutives.
OAV2. Préciser les effets des régimes de reproduction et des pressions évolutives sur la structure génétique des populations.
OAV3. Définir l’écologie en tant que discipline scientifique et son domaine d’étude.
OAV4. Discuter la dynamique temporelle des écosystèmes.
OAV5. Appliquer la démarche scientifique aux questions de génétique des populations et d’écologie.

Le chapitre Écologie est abordé avant le chapitre génétique des populations.
Pour les deux chapitres, des exercices en ligne sur la plateforme WIMS sont disponibles pour les étudiants. L’acquisition des notions sera évaluée par un examen en ligne sur un tirage aléatoire des exercices mentionnés ci-dessus. La note sera intégrée au contrôle continu.
Les deux chapitres sont aussi évalués en contrôle continu par des comptes rendus de Travaux Pratiques. Ces derniers sont corrigés par l’enseignant et rendus à la séance suivante.
Une épreuve finale sur les deux chapitres aura lieu à la fin du semestre.

Génétique Moléculaire et Evolutive, M Harry, Ed. Maloine
Génétique des populations, J-L Serre, Ed. Dunod
Mini Manuel d'écologie, C Tirard, R Barbault, L Abbadie, N Loeuille, Ed. Dunod
Ecologie, R Ricklefs, G Miller, Ed. De Boeck

Pas de pré-requis particuliers si ce n'est des connaissances en biologie de niveau L1.

Cette UE permettra aux étudiants d'apprendre à concevoir des scripts pour réaliser l'analyse de données biologiques et concevoir des modèles in silico.

L'enseignement est majoritairement constitué de séances de TP et TD en salle informatique. Au cours des séances, les étudiants apprendront à coder des scripts simples en utilisant le langage Python.

OAV1. Concevoir un algorithme pour répondre à un problème biologique. OAV2. Décrire les étapes d'un programme informatique à l'aide de boucles et tests. OAV3. Définir une structure informatique de données adaptée à un problème posé. OAV4. Implémenter un programme informatique avec le langage Python. OAV5. Executer et tester son programme.

Après 2 séances introductives en amphi, les étudiants seront répartis en groupe de TD/TP d'une vingtaine d'étudiants. Les séances de TD/TP seront réalisées dans les salles informatiques.

Cette UE est spécifique au cursus BioPlus. Elle permet aux étudiants de la promotion de suivre tous les cours/TD sous forme d’enseignements intégrés, en abordant notamment les lois de probabilité usuelles et le principe des tests statistiques suivants :
 • Test de conformité gaussien
 • Test binomial
 • Test de conformité de Student
 • Test du Chi2 : conformité et indépendance

À l’issue de cet enseignement les étudiants seront capables de :
 OAV1. Identifier une variable aléatoire dans un problème de biologie et proposer une modélisation en identifiant notamment la nature de la variable, sa loi et sa nature.
 OAV2. Formuler les étapes des tests statistiques.
 OAV3. Réaliser un test du chi-deux portant sur une/plusieurs variables aléatoires qualitatives.
 OAV4. Réaliser un test de conformité portant sur une variable aléatoire quantitative gaussienne.
 OAV5. Réaliser un test de conformité portant sur le paramètre de proportion dans le modèle binomial.

L’enseignement est organisé sous forme de "cours intégrés" dispensés par un enseignant mathématicien. 
Une séance de "cours intégré" débute par la présentation de la théorie qui est ensuite mise en pratique dans la partie "TD" de la séance. 
Des séances de TD "en binôme", encadrées par un enseignant mathématicien et un enseignant biologiste, permettent également d'appliquer les tests sur des exemples rencontrés en biologie. 
Les dernières séances de TD mettent davantage l'accent sur le choix du test statistique à réaliser. 
Deux interrogations en mathématiques et un partiel permettent d’évaluer les étudiants dans le cadre du contrôle continu.

Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1: transcription et traduction. Bases de la démarche scientifique, techniques expérimentales vues en L1 et L2 S3.

L’UE GBM2 vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur certains mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, majoritairement chez les procaryotes , parfois chez les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux mécanismes qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de :
OAV1 : Savoir prédire le devenir d’un allèle lors de la parasexualité bactérienne : transformation, conjugaison.
OAV2 : Comprendre les principes de la PCR, concevoir des amorces de PCR et les contraintes liées au design d’amorces.
OAV3 : Comprendre les étapes clés d’un clonage moléculaire (digestion, ligature, transformation), choisir les enzymes de restriction et vecteurs appropriés selon le but expérimental, et interpréter les résultats d’un clonage (gel d’agarose, séquence, orientation de l’insert).
OAV4 : Décrire et distinguer les différentes étapes de la transcription (initiation, élongation et terminaison) chez les procaryotes et les eucaryotes.
OAV5 : Expliquer les principes généraux de la régulation transcriptionnelle chez les bactéries (répresseur, activateur, opéron) et décrire les modèles de régulation positive et négative.
OAV6 : Comprendre la complexité de la régulation transcriptionnelle chez les eucaryotes, identifier les rôles des séquences régulatrices et décrire les différents mécanismes de régulation transcriptionnelle et/ou post-transcriptionnelle en incluant ceux impliqués dans l’initiation de la transcription, la stabilité des ARNm et l’épissage.
OAV7 : Décrire les mécanismes impliqués dans les différentes étapes de la traduction (initiation, élongation et terminaison) chez les eucaryotes et chez les procaryotes. 
OAV8 : Décrire la structure des gènes et des génomes chez les eucaryotes et chez les procaryotes. 

OAV9 : Identifier le rôle des ARNt et des ribosomes et comprendre la notion de code génétique.

OAV10 : Décrire les effets des mutations lorsqu’elles sont positionnées sur le promoteur des gènes ou ses séquences de régulation localisées en cis, dans la séquence codante, à la jonction intron-exon et dans les régions intergéniques. 

OAV11 : Décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe, limites et contrôles) et appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.

Cette UE comprend 9 cours magistraux de 2H dispensés au rythme d’un par semaine.  11 TD de 2H chacun viennent illustrer les CM et leur sont complémentaires puisqu’ils permettent un approfondissement de certaines notions abordés en cours. Le dernier TD se présente sous forme d’une annale d'un examen posé les années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final. De plus, 5h de TP permettent de mettre en pratique le concept de PCR à travers la caractérisation de mutants. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des exercices avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques. L’acquisition des notions sera évaluée d’une part en contrôle continu à travers un examen sur table en milieu de semestre et un compte-rendu de TP effectué en binôme / trinôme, et d’autre part par un examen écrit final.

- Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.          - - - Raven, Johnson, Mason, Losos, Singer - Sciences du vivant
Adaptation française sous la direction de Jean-Claude Planel- Éditions De Boeck Supérieur, 6ᵉ édition (2020)
ISBN : 978-2-8073-2949-5

Programme de L1 : 
- Composition, fonction et interactions des différents compartiments cellulaires
- Cytosquelette et mitose
- Développement embryonnaire précoce du Xénope
- Organisation d’une plante à fleurs et développement primaire
Programme de L2S3 (UE GBM1 et Biochimie) :
- Expression de l’information génétique 
- Structure des protéines à différents niveaux
- Techniques expérimentales de biologie moléculaire

Cette UE pluridisciplinaire vise à fournir les notions indispensables pour comprendre :
 (i) la façon dont les comportements cellulaires (division, différenciation, croissance/élongation, migration) façonnent l’organisme en développement au cours du temps et dans les 3 dimensions de l’espace ;
 (ii) les spécificités du développement végétal (stratégie d'adaptation à l'environnement et à ses contraintes) ;
 (iii) l’importance de la communication et des interactions entre cellules/tissus pour le développement harmonieux de l'organisme.
 
Programme : Les cours magistraux (20h) permettront dans un premier temps d’introduire les principes de la signalisation cellulaire et d’étudier à l’échelle moléculaire les processus de division et de migration cellulaires. Ces apprentissages seront ensuite exploités dans le contexte de l’organisme animal ou végétal en développement dans le but d’illustrer comment prolifération, spécialisation cellulaire, changements de forme, croissance, processus migratoires (chez les animaux) et communications intercellulaires contribuent à façonner le futur individu. Une ouverture sera faite sur les pathologies associées à ces processus et la biologie des cellules souches.
Les travaux dirigés (15h) seront consacrés à observer, se questionner et mettre en œuvre les bases de la démarche scientifique. Un accent particulier sera mis sur la méthodologie de l’analyse de documents, la schématisation et la modélisation de résultats.
Les travaux pratiques (10h) permettront une initiation à la technique d’immunofluorescence et à la manipulation des fonctions de base d’un logiciel d’imagerie (ImageJ).

OAV1. Décrire l’organisation des cellules eucaryotes et leur environnement cellulaire
Il s’agit ici que l’étudiant (i) approfondisse les notions vues en L1 sur les organites intracellulaires et le cytosquelette et (ii) sache décrire et illustrer la structure de la matrice extracellulaire, les interactions cellules/matrice et les caractéristiques de la paroi des végétaux.
OAV2. Schématiser les différents modes de communication intercellulaire et leur impact sur l’activité biochimique, sur l’expression génique et sur l’organisation de la cellule cible (cytosquelette en particulier).
Il s’agit ici que l’étudiant soit capable de décrire les bases de la communication cellulaire (signal, récepteur membranaire, cascade intracellulaire, réponse biochimiques ou modification d’une combinatoire de facteurs de transcription spécifiques). Ces bases sont préalables à l’étude des comportements cellulaires in vivo (OAV6). Il n’est pas demandé de retenir la structure de voies de signalisation classiques ni de connaître les grandes familles de facteurs de transcription spécifiques.
OAV3. Décrire et schématiser les comportements cellulaires fondamentaux
Il s’agit ici que l’étudiant soit capable de décrire les comportements cellulaires universels qui sous-tendent le développement des organismes pluricellulaires : la division cellulaire (et l’influence de ses modalités sur le devenir des cellules), les étapes d’une voie de différenciation, l’expansion d’une cellule végétale, la transition épithélio-mésenchymateuse et la migration d’une cellule animale. D’un point de vue mécanistique, un focus est fait sur le rôle du cytosquelette au cours de la mitose animale et végétale et sur la régulation du cycle cellulaire (limité à la régulation de l’entrée en phase S). On introduit aussi la notion de programme génétique de différenciation.
OAV4. Décrire la formation/organisation et le devenir d’un nombre limité de structures embryonnaires ou post-embryonnaires
On souhaite ici que l’étudiant acquiert le vocabulaire de base préalable à la description de phénotypes in vivo et qu’il se familiarise avec les systèmes développementaux dans lesquels les processus cellulaires du développement seront étudiés. Il s’agit d’être capable de décrire un nombre limité de structures embryonnaires/post-embryonnaires (l’embryon d’angiosperme et le fonctionnement des méristèmes apicaux pour le développement végétal ; le développement précoce, les crêtes neurales et les somites pour le développement animal qui sera limité à des modèles vertébrés). L’étudiant doit aussi être capable de situer ces structures dans l’espace et le temps et de citer leur devenir.
OAV5 (transversal). Savoir décrire et/ou mettre en œuvre différentes techniques d’analyse couramment utilisées en Biologie cellulaire et Développement
L’enjeu ici est que l’étudiant soit capable de décrire, sans rentrer dans les détails moléculaires, le principe des techniques/outils d’analyse couramment utilisés en Biologie cellulaire et Développement. D’un point de vue pratique, l’étudiant apprendra à réaliser une immunofluorescence, manipuler les fonctions de base d’un logiciel de traitement d’image (IMAGEJ) et réaliser un montage.
OAV6 (transversal). Analyser des expériences in vitro ou in vivo et modéliser une procédure ou un résultat
Le but ici est que l’étudiant soit capable, sur la base des connaissances théoriques et techniques acquises (OAV 1 à 5), d’interpréter un panel d’expériences (au niveau cellulaire ou au niveau de l’organisme) ayant trait à un nombre limité de systèmes développementaux. Il lui est demandé de savoir décrire un phénotype, comparer contrôle et situation expérimentale et conclure sur la question biologique traitée. Si une modélisation du résultat est demandée, l’étudiant sera guidé pas à pas dans sa réalisation (par exemple via des schémas à compléter).

L’UE bénéficie d’un cours eCampus très structuré incluant : 
- Une proposition de planning de travail hebdomadaire afin de ne pas se laisser déborder. 
- Des synthèses rédigées reprenant à l’aide de vidéos ou schémas légendés les notions majeures abordés en cours d’amphi.
- Des quizz d’auto-évaluation sur chaque partie du programme.
Des séances de révisions en amphi sont en outre organisées avant les premières épreuves de contrôle continu.

Biologie cellulaire. Y. Bassaglia
Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Biologie du développement : Les grands principes. L.Wolpert et al.
Biologie Végétale Croissance et Développement. J.F. Morot-Gaudry, R. Prat & I. Bohn-Courseau

L’objectif général du cours est de donner une base bien établie en Biochimie des protéines et Métabolisme énergétique.

Pour la première partie, le but sera d’acquérir des connaissances précises sur ce que sont les protéines et leur importance en biologie. Le cours décrit, de façon précise, les différents niveaux de leur organisation structurale avec l’idée d’unifier l’extraordinaire diversité des organisations macromoléculaires rencontrée en biologie par la combinaison de quelques principes sous-jacents.
Dans la seconde partie de cet enseignement, le but sera de comprendre les principes qui régissent les conversions d’énergie dans la cellule. En particulier, le cours se focalisera sur les mécanismes permettant à des organismes hétérotrophes d’oxyder les nutriments pour assurer la synthèse d’ATP.
Les travaux dirigés sont conçus pour apprendre aux étudiants à savoir regarder et se repérer dans une structure de protéine, y compris en utilisant des outils de bioinformatique structurale, et également à manipuler les concepts acquis sur les propriétés physico-chimique des protéines grâce à des exercices concrets. Ils leur permettront également de manipuler les concepts acquis sur les conversions d’énergie grâce à des exercices concrets.

L'esprit de cette unité d'enseignement est de se focaliser sur un éventail restreint de questions, choisies parce qu'elles sont une base utile à l'ensemble de la Biologie, mais de les couvrir avec une certaine exigence.

OAV1. Décrire la structure des protéines à différents niveaux (primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire) en s’appuyant sur les propriétés de la liaison peptidique et des chaînes latérales des acides aminés.
OAV2. Décrire les principes des méthodes utilisées pour comparer les séquences et les structures des protéines. Expliciter les conséquences des liens évolutifs.
OAV3. Décrire la succession des étapes nécessaire à l'obtention d'une protéine recombinante.
OAV4. Décrire les méthodes usuelles de purification préparative des protéines.
OAV5. Connaitre les principales méthodes d'analyse des protéines (SDS PAGE, western blot, séquençage). Interpréter les résultats d'expériences simples.
OAV6. Formuler et discuter les principes de bases de la Bioénergétique cellulaire.
OAV7. Reconnaitre, décrire et représenter les sucres simples et les principaux polysaccharides de réserve et de structure.
OAV8. Nommer, définir et exposer les voies métaboliques impliquées dans la synthèse de ATP cellulaire à partir de l’oxydation des sucres et des lipides simples.
OAV9. Décrire, représenter, expliquer et exposer l'ensemble des éléments impliqués dans le processus de phosphorylation oxydative.

Deux cours par semaine de 1h30 en Amphi : 1 sur les protéines et l'autre sur le métabolisme énergétique.
11 TD de 2h permettront d'approfondir les notions vues en cours et parfois d'aller plus loin dans certains domaines.

Un partiel est organisé en milieu de semestre (QCM) et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noel.

"Principes de Biochimie" de Lehninger

• "Biochimie" de Stryer, Berg et Tymoczko

L1 biologie
UE de mathématiques de L1 (Calculus )

Lois usuelles et principe des tests statistiques
Tests statistiques suivants :

Test de conformité gaussien Test binomial Test de Student Test du Chi2 : conformité et homogénéité/indépendance

OAV1. Identifier une variable aléatoire dans un problème de biologie et proposer une modélisation en identifiant notamment la nature de la variable.
OAV2. Formuler les étapes des tests statistiques.
OAV3. Réaliser un test du chi-deux portant sur une/plusieurs variables aléatoires qualitatives.
OAV4. Réaliser un test de conformité portant sur une variable aléatoire quantitative gaussienne.
OAV5. Choisir le test statistique approprié à l’analyse des données parmi les tests vus en cours (test du chi-deux de conformité et d’indépendance, tests de conformité sur la moyenne (Student ou approximation gaussienne).

Tous les cours magistraux (4*2h CM) ont lieu sur un rythme soutenu en début de semestre (fin de semaine 36 et semaine 37). Les semaines suivantes ont lieu 4 séances de TD pour un total de 14 heures. Un de ces TDs est dirigé par un biologiste afin d'appliquer les tests sur des exemples rencontrés en biologie. Ensuite, tout au long du semestre, des devoirs wims de mathématiques et de biomathématiques ainsi qu'un DM personnalisé sont donnés aux étudiants. Ces travaux comptent pour évaluation dans le cadre du contrôle continu. Ainsi, les étudiants intègrent progressivement par du travail personnel les notions statistiques vues en cours et développées en TDs. En semaine 47 a alors lieu un TD de 3 heures, entièrement dirigé par les biologistes, conçu comme un TD "projet", au cours duquel les étudiants répartis en petits groupes traitent chacun une partie d'une problématique biologique (par exemple : interactions fourmis, chenilles, lierre sur un figuier). Puis l'examen écrit de décembre avec 2 sujets (1 sujet de mathématiques et 1 sujet de biomathématiques) conclut le semestre.

Pré-requis : Bases de biologie moléculaire et de génétique de L1 (réplication, transcription, traduction, mitose et méiose). Bases de la démarche scientifique et techniques expérimentales vues en L1.

Le contenu réparti dans deux UEs sur les 2 semestres GBM1 (L2S3) et GBM2 (L2S4) vise à permettre aux étudiants 1) d’intégrer les connaissances actuelles sur les mécanismes de transmission de l’information génétique tant par des approches génétiques que par des approches de biologie moléculaire, à la fois chez les procaryotes et les eucaryotes ; 2) d’intégrer les principaux concepts qui président à la stabilité et l’évolution des génomes ; 3) d’intégrer les différentes techniques de biologie moléculaire ainsi que les approches génétiques mises en œuvre pour étudier l’ensemble de ces mécanismes.

À l’issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure :
OAV 1 : d’intégrer le mécanisme de réplication de l’ADN chez les procaryotes. Il/elle saura restituer l’enchainement des étapes à l’échelle de la cellule en associant réplication et division cellulaire.  
OAV 2 : de définir les grandes classes de lésions de l'ADN, et de décrire les principaux mécanismes de réparation de ces lésions, de distinguer lésion et mutation, de définir le polymorphisme présent au sein d’une population.  
OAV 3 : d’intégrer les notions de base de la génétique mendélienne: l'étudiant-e devra être capable de décrire les étapes de mitose et de meïose, de prédire le devenir d'un et de deux couples d'allèles à travers la reproduction sexuée; D'illustrer l'effet des stress génotoxiques sur la variabilité génétique.  
OAV 4 : de calculer le titre d’une culture bactérienne, de déterminer un pourcentage de survie et une fréquence de mutation, de réaliser et d’analyser des tests génétiques (dominance/récessivité) chez la levure.  
OAV 5 : d’identifier le ou les gènes impliqué(s) dans un processus biologique par le test de complémentation fonctionnelle.  
OAV 6 : de décrire les techniques expérimentales de biologie moléculaire (but, principe et limites), d’appliquer la démarche scientifique : analyser et interpréter les résultats expérimentaux, formuler à partir de ces données des conclusions ou des hypothèses.   
OAV 7 : de mettre en œuvre un protocole expérimental incluant des approches génétiques, de biologie moléculaire et de microbiologie en respectant les règles de sécurité en laboratoire.

Cette UE est organisée comme suit : 8 cours de 2H (un par semaine), 10 TD de 2H (un par semaine) et également 2 séries de TP. Un partiel est organisé en milieu de semestre et un examen final a lieu généralement avant les vacances de Noël. L’UE bénéficie d’un cours eCampus structuré incluant l'ensemble des powerpoints des enseignements, le poly de TD incluant des bulles d'aides pour faciliter la préparation des TD avant les séances, ainsi que des fiches méthodologiques, un glossaire, et des exercices et problèmes corrigés sur certaines parties de cours pour aider les étudiants à la compréhension des notions enseignées. Enfin le dernier TD est une annale d'un examen posé une des années précédentes permettant aux étudiants de se préparer à l'examen écrit final du mois de décembre.

Biologie moléculaire de la cellule. B. Alberts, et al.
Génétique, gènes et génomes Rossignol, J.L. et al.
Génétique. Serre J.L.

Définir les notions de base de la génétique mendélienne : gène, allèle, locus, polymorphisme, transmission d’un couple d’allèles chez des organismes haploïdes et diploïdes.
Définir les notions d’espèce et de population. Définir la notion d’évolution et les pressions évolutives : sélection naturelle, dérive génétique et mutations.

Cours (9h= 6*1.5h)
Partie Écologie : 3 séances de 1h30

Introduction à l’écologie Écosystème et communautés Impacts des changements globaux anthropiques sur les écosystèmes

Partie Génétique des populations : 3 séances de 1h30

Introduction à la génétique des populations Calcul des fréquences, panmixie et modèle de Hardy-Weinberg Évolution des populations : pressions évolutives et régime de reproduction  

TD (10h)
Partie Génétique des populations : 4 heures

Calcul des fréquences alléliques dans une population en équilibre dans le modèle d’Hardy-Weinberg et relation avec le régime de reproduction Calcul des fréquences alléliques et relation avec les forces évolutives

Partie Écologie : 3 heures

Interactions entre espèces et conséquence des perturbations d’une espèce sur la communauté d’espèces Fonctionnement des écosystèmes et conséquences des perturbations anthropiques

Partie Génétique des populations et Écologie : 3 heures

Fragmentation de l’habitat et conséquences sur la structure génétique des populations Introduction d’espèces envahissantes, conséquences sur la variabilité génétique au moment de la fondation des populations et sélection naturelle dans le nouvel environnement

TP (6h= 2h + 4h)

Génétique des populations, séance de 2h : simulation sur ordinateur de l’effet des forces évolutives (dérive et sélection) Écologie, séance de 4h : découverte d’écosystèmes sur le campus d’Orsay, description des principaux constituants et de leurs interactions-structuration dans l’espace

OAV1. Énumérer et définir les régimes de reproduction et les pressions évolutives.
OAV2. Préciser les effets des régimes de reproduction et des pressions évolutives sur la structure génétique des populations.
OAV3. Définir l’écologie en tant que discipline scientifique et son domaine d’étude.
OAV4. Discuter la dynamique temporelle des écosystèmes.
OAV5. Appliquer la démarche scientifique aux questions de génétique des populations et d’écologie.

Le chapitre Écologie est abordé avant le chapitre génétique des populations.
Pour les deux chapitres, des exercices en ligne sur la plateforme WIMS sont disponibles pour les étudiants. L’acquisition des notions sera évaluée par un examen en ligne sur un tirage aléatoire des exercices mentionnés ci-dessus. La note sera intégrée au contrôle continu.
Les deux chapitres sont aussi évalués en contrôle continu par des comptes rendus de Travaux Pratiques. Ces derniers sont corrigés par l’enseignant et rendus à la séance suivante.
Une épreuve finale sur les deux chapitres aura lieu à la fin du semestre.

Génétique Moléculaire et Evolutive, M Harry, Ed. Maloine
Génétique des populations, J-L Serre, Ed. Dunod
Mini Manuel d'écologie, C Tirard, R Barbault, L Abbadie, N Loeuille, Ed. Dunod
Ecologie, R Ricklefs, G Miller, Ed. De Boeck

Pas de pré-requis particuliers si ce n'est des connaissances en biologie de niveau L1.

Cette UE permettra aux étudiants d'apprendre à concevoir des scripts pour réaliser l'analyse de données biologiques et concevoir des modèles in silico.

L'enseignement est majoritairement constitué de séances de TP et TD en salle informatique. Au cours des séances, les étudiants apprendront à coder des scripts simples en utilisant le langage Python.